从1990年中国第一个保税区成立至今,保税区经济实力不断增强,在连接国内国外两个市场和两种资源、招商引资、扩大出口、引进技术、增加就业和辐射带动区域经济发展等方面,都发挥了重要作用,取得了重大的成就。随着世界经济一体化和中国对外开放的深化,特别是中国加入世界贸易组织后,中国保税区进一步发展面临着严峻的挑战。由于存在先天不足,立法缺失,定位模糊,后天发展受瓶颈制约,功能受限,多头管理,港区分离,监管不畅,保税区日益显现出其严峻而突出的问题。本文首先指出了制约中国保税区发展的11个因素;(1)保税区缺乏统一的立法和政策定性的问题(2)宏观管理部门不明确的问题(3)保税区的出口退税和进出口经营权的问题(4)海关监管与通关效率的问题(5)转口贸易功能发挥的问题(6)区港分离的问题(7)保税区考核指标的问题(8)保税区各类企业准入的问题(9)保税区配套的仓储、金融和服务等功能不完善的问题(10)保税区发展定位和土地资源局限的问题(11)基础设施落后和信息化技术利用率不高的问题。文章对国外自由贸易区和中国保税区的经济理论、历史和现状进行了综述。然后结合中国保税区中典型的上海外高桥保税区的情况,分析了上海外高桥保税区的区港联动一向自由贸易区转型的雏形,详细剖析11个制约保税区发展的问题和产生问题的原因,原因分别是;(1)保税区设立时的客观条件限制(2)保税区政策在实践中出现过反复(3)保税区在条块分割管理体制下的协调困难(4)保税区发展过分依赖优惠政策。文章接着分析了欧洲自由贸易区成功的硬件方面原因是;(1)优越的区位条件(2)优良的港口条件(3)四通八达的交通条件(4)国际航运的中心地位;软件方面原因是;(1)优惠的政策(2)开放的管理模式(3)自由灵活的监管方式。之后详细分析了典型欧洲自由贸易区——汉堡自由港成功的因素。通过比较和分析汉堡自由港和上海外高桥保税区软硬环境方面的情况,得出的结论是上海外高桥保税区在硬环境方面已和汉堡自由港相当,只是在集装箱国际中转比例、铁路集疏运能力、服务对象和竞争对手方面有劣势。但在软环境方面与汉堡自由港相比还有很名不足,如;(1)立法方面(2)设区主体和设区目的方面(3)管理机构方面(4)区港一体化方面(5)功能定位和转口贸易方面(6)自由度和便捷的管理方面等,需要在向自由贸易区转型的过程中予以改进。通过保税区问题的分析和保税区与自由贸易区比较的结论,最后笔者提出了上海外高桥保税区发展和转型的具体建议,建议针对三个层面的对象。首先提出针对中央政府层面的建议;(1)全国人大应制定《中华人民共和国自由贸易区法》,以构建中国自由贸易区的法律保障制度(2)成立一个全国性的自由贸易区的领导机构,负责自由贸易区的宏观管理工作;其次提出针对地方政府层面的建议;(1)需要尽快实现保税区和物流园区在出口退税、进出口经营权、海关监管、外汇管理和行业准入等相关政策的接轨(2)在区港联动的基础上,上海外高桥保税区应实行区港一体化的运营模式(3)时机成熟时,在整个浦东新区推行自由港政策的试点;最后提出针对保税区层面的建议;(1)正确定位,发挥好外高桥保税区与洋山保税港之间的联动关系(2)建立完善的综合交通体系,优先推进铁路进入外高桥港区和保税区的工作(3)建立科学合理的评价指标体系,是外高桥保税区向自由贸易区转型的重要保证(4)外高桥保税区应实行更加开放的企业准入制度(5)外高桥保税区海关监管要高效便捷(6)大力发展转口贸易,将保税区建成中国和东南亚的重点分拨中心(7)外高桥保税区应适当放开金融外汇管理,推进保税区金融、保险等核心服务业的开放(8)外高桥保税区需提高物流技术水平和加强信息网络的建设。这些建议对其它中国保税区的转型和发展也有借鉴意义。