2005年,中共十六届五中全会上首次提出“谁开发谁保护谁受益谁补偿”的环境补偿原则,我国对环境补偿展开了理论和实践研究。跨界水环境补偿是环境补偿的重要一环,是实现国民经济健康长期、可持续发展的必然选择,本文在这样的背景和条件下对我国的跨界水环境补偿法律制度的构建和完善进行探讨。对跨界水环境进行补偿需要先明晰跨界水环境的制度内涵,我国主要做法是通过对水资源的规范达到对跨界水环境补偿的目的。通过确定水资源国家所有权,确立水资源资产产权制度、使用权制度,将水资源的所有权和用益物权分开,确保水资源全民所有的前提下,政府和市场共同配合,充分发挥水环境的资源价值和生态价值。确立水资源有偿使用制度,既保障我国水环境补偿资金来源,也鼓励在生产生活中节约用水。我国从国家立法层面和地方立法层面对跨界水环境补偿进行规定,国家层面规定较为笼统,地方立法层面则侧重于对本地区或者某一具体水环境进行补偿,规定更为具体详细。在当前的地方立法实践中,安徽、浙江的新安江作为全国第一个跨界水环境补偿实践试点,已经形成了较为成熟的补偿体系,广东、江西对东江流域的补偿重点在于双方协商,积极立法。通过分析我国跨界水环境补偿的条件,明确了跨界水环境补偿的理论基础和补偿应当坚持公平原则、环境责任补偿原则、科学合理原则和公众参与原则。明确我国进行跨界水环境补偿的主体包括了上级政府对下级政府的纵向补偿,也包括同级政府之间的横向补偿。补偿标准既应该考虑环境重建成本也要考虑受益方的受益程度。对跨界水环境补偿的方式既包括政府主导的方式也包括市场主导的方式,目前我国正积极探索以市场为手段,对跨界水环境进行补偿。当前跨界水环境补偿面临的一大问题就是法律制度不完善,跨界水环境补偿政府和市场的界限不明,对于侵害跨界水环境的法律责任有所缺失。因此,需要完善相关的法律法规,划定政府和市场管理的边界,充分发挥市场的调节作用和政府的监督管理作用,对侵害跨界水环境的法律责任既要包括民事责任,行政责任,也要包括刑事责任,既要对行为人的违法行为进行惩处,更要恢复被破坏的水环境。