农民专业合作社补足家庭经营模式的不足,可提高农业现代化发展速度且强化合作组织的力量。但近年来农业现代化发展脚步不断增速,对农业市场竞争力与生产规模化的要求也逐步加强,因此须加强农民专业合作社运行机制的研究力度,为它的运行效率及规范化提供理论基础与科学依据,从而促进合作社的健康恒久发展。此外,对提升从业人员的综合素质与技术水平,拓展生产规模与经营规模,全面提升农民组织化水平并革新生产模式等很多方面具有十分重大的价值与作用。为了促进农民专业合作社的规范化,我国政府提出了相关扶持政策,并取得了相应的成果,但是从其发展整体水平来看还存在各种各样的问题,主要体现在运行机制不健全、运作效率较低、管理缺乏统一规范性,因此成为其继续发展的瓶颈,基于此,怎样正确引领农民专业合作社走向规范化发展道路,使其内部运行的效率大大提高,这是当前亟待解决的重大问题。梅县区农民专业合作社属于发展初期,存在服务功能不全面、利益分配不均衡、管理及运行机制不健全与外部连接不紧密等各种问题,所以导致它的发展极其缓慢。故而,怎样建立高效可行的运行机制来充分迎合新型生产方式及体制的需要,是当前研究中不可忽视的重大问题之一。本研究表明,梅县区农民专业合作社运行机制存在决策机制不完善、激励机制不足、利益机制分配不合理、财务管理机制不健全等问题,这些问题的存在,制约了农民专业合作社的发展。通过深入分析表明,梅县区农民专业合作社运行机制存在问题的原因是法律宣传不到位、政府干预过多及内部结构不完善等。梅县区应该逐步完善农民专业合作社决策机制,进一步强化激励机制,提高积极性,优化利益分配机制,健全财务管理机制、加强管理人才培训和引进。研究认为,政府对合作社干预太多,影响了合作社在法律框架下的运行,建议政府部门加大法律宣传力度,使合作社根据法律法规要求,逐步完善合作社的内部结构。同时,政府也应依法行政,在法律框架内积极引导合作社走向健康持久的发展轨道。