目的:金线莲是闽台特色珍稀中草药,野生品性状变异大,栽培品品系复杂。本研究对福建省金线莲野生种质资源进行遗传多样性分析,对栽培品进行生药学研究,旨在探究福建全省范围内金线莲种质资源的遗传分化特征以及栽培品的生药鉴别特征。方法:基于金线莲转录组数据采用SSR分子标记技术分析福建省不同地理组群金线莲的遗传多样性;采用传统生药性状鉴别方法、显微鉴定法以及分子生药学手段对市场常见的4种栽培品系金线莲,包括大圆叶、小圆叶、尖叶以及台湾银线兰进行性状、显微、分子标记技术鉴定。结果:基于金线莲的转录组数据筛选出44对特异性SSR引物,聚类分析表明,不同地理组群间遗传相似系数变幅为0.29~0.90,在0.65处可将福建省不同地域野生金线莲样品分为四大类群,且不同地理组群间的金线莲存在遗传分化。不同栽培品性状鉴别结果表明,大圆叶叶片较大,长1.2~5.1 cm,宽1.1~3.2 cm,叶缘具一连续白边;小圆叶叶片较小,长0.9~3.4 cm,宽0.7~2.7 cm,连续或断续脉纹,或无纹;尖叶叶片呈长卵形,长1.3~4.6 cm,宽0.9~2.6 cm,脉纹密集,中脉区域泛黄色;台湾银线兰叶片阔卵圆形,长1.3~4.3 cm,宽0.9~2.9 cm,脉纹白色。显微鉴别结果表明,大圆叶、小圆叶、尖叶金线莲叶横切面靠近上表皮的部分细胞含红色物质,而台湾银线兰海绵组织细胞中大量存在红色物质。SSR标记技术鉴别结果表明不同栽培品之间存在一定的遗传分化,台湾银线兰与其他品系的遗传变异较大。种植时间达4个月的金线莲,性状上可见茎、叶颜色加深,株高减小;显微上,可见凯氏带更加明显,木质部导管壁厚增加,胞腔有所增大。结论:本研究通过SSR分子标记技术证明福建省不同地域的野生金线莲种质资源存在遗传分化;明确了不同栽培品系的性状、显微、分子层面的区别;阐明了种植时长4个月的金线莲的性状、显微鉴别要点,可为金线莲的野生资源保育、遗传育种、生药鉴别、品质评价及质量控制提供基础依据。