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硝化作用是氮循环中的关键步骤,氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)和氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)是该过程的重要执行者。本文通过研究密云水库水陆交错带底泥沉积物和土壤样品中AOB和AOA的多样性、丰度及群落结构,并确定关键环境影响因子。通过室内模拟实验,进一步确定有机碳和铵盐对AOB和AOA的丰度、多样性及群落结构的影响。研究结果：(1)通过末端限制性片段长度多态性分析(Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism,T-RFLP)技术,AOB和AOA在底泥沉积物样品中多样性均较低,AOB在水陆交错带土壤和农田土壤中多样性相对较高,AOA在陆相区域非农田土壤多样性最高。在底泥沉积物中,AOA的多样性低于AOB而在农田土壤中,AOA多样性高于AOB；(2)通过实时荧光定量PCR技术(leal-time fluorescent quantitative PCR,简称QPCR)可得,在农田土壤中,AOB丰度最高,AOA丰度最低,在其他样点AOA丰度均高于AOB。在底泥沉积物中,AOA的丰度显著高于AOB,且AOA/AOB比率在底泥沉积物中最高；(3)通过皮尔森相关系数和lDA(Redundancy Analysis)分析表明,NH4+-N、NO3--N和TOC是影响AOB优势物种的主要影响因子,pH和TOC是AOA群落结构的最主要影响因子。AOA和AOB丰度与环境因子没有显著相关性。而AOB多样性与pH、TN呈正相关关系,AOA多样性与硝酸盐、铵盐呈负相关关系；(4)通过克隆实验分析可得,样品中获得的AOA序列没有发现已知纯菌。样品中的AOB有少量的属于Nitrosopira-like种属；(5)通过室内模拟有机碳实验发现,有机碳的施用能够增加AOA和AOB的群落丰度,但却显著的减小AOB和AOA的群落多样性,并且改变两者的群落结构。获得的AOA序列没有发现纯菌,仅在添加葡萄糖的土壤样品中,发现与Nitrosospira-like相似的AOB的纯菌；(6)通过室内模拟铵盐实验分析得出,在相同浓度的铵盐样品中,AOB的丰度随时间变化呈现先增后减的趋势,AOA的变化趋势是逐渐增多,这说明AOA适宜在低浓度铵盐环境中生存。本文研究对于揭示水陆交错带氮循环过程具有重要意义。