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南瓜具有丰富的营养价值、保健功能和加工价值,培育优质的南瓜品种越来越受到育种家的重视。利用分子标记技术对南瓜种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,对于辅助南瓜育种十分重要。本论文利用SRAP和ISSR两种分子标记技术,分析85份南瓜种质资源遗传多样性,构建遗传聚类图,鉴定种质资源间的亲缘远近,同时对南瓜的田间性状进行调查,为种质资源鉴定、分类、杂交育种工作提供理论依据。主要结果如下：1南瓜SRAP反应体系的建立以‘密本’南瓜为筛选体系材料,通过单因素试验对南瓜SRAP扩增体系中的Mg2+、dNTP、Taq酶、引物、DNA和扩增程序中的退火温度与循环次数进行优化。结果确立南瓜最佳20μL SRAP体系为：0.20mmol/L dNTP,1.50U Taq酶,80ng DNA,0.16μmol/L的单条引物,1.50mmol/LMg2+,2μL lOxBuffer;最优反应程序为：94℃预变性5min；接着94℃1min,35℃ 1min,72℃ 1min,5个循环；然后94℃ 1min,52℃1min,72℃ 1min,35个循环；最后72℃延伸10min。2南瓜种质资源遗传多样性SRAP分析从100对SRAP引物中挑出17对引物进行PCR扩增,获得总条带200条,差异带187条,13条条带为所有南瓜共有,多态性比例为93.50%。通过Ntsys2.10e软件计算出85份南瓜种质资源遗传相似系数为0.4500-0.9850。通过聚类,将收集的南瓜种质资源分为美洲南瓜、中国南瓜、印度南瓜三类,亲缘关系较近的是中国南瓜与美洲南瓜,两类南瓜与印度南瓜的亲缘关系均比较远。3南瓜ISSR反应体系的建立以‘密本’南瓜为筛选体系材料,采用单因素试验,对ISSR反应体系的Mg2+、 dNTP、Taq酶、引物和DNA等5个因素进行优化。结果表明：南瓜25μiL ISSR最佳反应体系包括：2.50μL lOxBuffer,2.00mmol/L Mg2+,0.30mmol/L dNTP, 1.00UTaq酶,0.48μmol/L引物,75ng DNA。在此基础上,对筛选出的12条ISSR引物的退火温度进行优化,确定每条引物的最佳退火温度。4南瓜种质资源遗传多样性ISSR分析从100条ISSR引物中筛选出12条引物进行PCR扩增,获得总条带125条,差异带115条,10条条带为所有南瓜共有,多态性比例为92.00%。通过Ntsys2.10e软件计算出85份南瓜种质资源的遗传相似系数为0.3840-1.0000。通过聚类,将收集的南瓜种质资源分为美洲南瓜、中国南瓜、印度南瓜三类,亲缘关系较近的是中国南瓜与美洲南瓜,两类南瓜与印度南瓜的亲缘关系均比较远。5南瓜田间性状调查结果田间性状调查结果为：子叶长3.40cm-7.30cm;子叶宽2.15cm-4.38cm;子叶长宽比1.30-2.30；瓜重在0.41kg-8.60kg;瓜外横径8.60cm-26.40cm；瓜内横径4.70cm-19.80cm;果实厚度1.85cm.3.48cm;瓜纵径5.20cm-51.20cm:生长势有强和中等两种；主蔓横切面形状有圆形和五棱形两种；叶面白斑有多、中等、少量之分；叶形上有心脏形、心脏五角、近三角、近圆形、掌状五角、掌状六种；生长习性有矮生和蔓生两种；嫩瓜皮色上有浅绿、深绿、浅黄、绿色、橙红、黄色六种；老瓜皮色上有橙黄、黄、棕黄、橙红、深绿、墨绿、黄褐七种；老瓜肉色有橙黄、金黄、浅黄、黄、白五种；瓜面特征上有光滑、多沟、瘤突、皱缩、多棱五个特征；瓜形上有长颈圆筒、椭圆、梨形、扁圆、近圆、长筒六种；瓜面蜡粉上有多、少、无之分。