如何科学地调整大学院系组织结构、合理地配置院系组织职权一直是高等教育学界值得探讨和反思的问题。大学章程旨在重点规范大学内部组织结构和权责关系,可以作为理解大学院系组织结构和职权配置的最佳途径。本研究即以此为出发点,以现行北京大学章程文本为对比基准,通过历时维度和共时维度的章程文本对比,描述与揭示国内外大学院系组织结构和各层级职权配置变迁趋势与特征,尝试解释其原因,从而为我国大学院系管理提供借鉴与启示。采用文本分析和比较的方法,发现现行北京大学章程体现“院实系虚”的层级结构,管理方式呈现行政化色彩。历时维度上,对1949年前北京大学的章程文本分析发现,我国院系组织的结构发生了“院实系实”到“院实系虚”的变化,从“教授治校、学术主导”到“校长治校、学术行政平衡”的权力变化。共时维度上,境外由于不同的高等教育治理传统,大学章程文本表现出不同的院系组织结构与权力特征,其共性在于“院实系实”的纵向层级结构以及决策权力、行政权力、学术权力在校、院、系三个层级上的分权与制衡。进一步分析发现,大学院系组织结构与职权配置呈现“校院系”同构、“学系虚实”异形的特征,我国大学院系组织主要遵从自上而下的政治逻辑变革方式,与境外大学自下而上的学术逻辑演变相异。综上,完善我国大学院系组织与管理的建议是:(1)在院系组织结构设计方面应遵从“上窄下宽”原则,保护核心操作层的专业权威与学术利益;(2)校院系各层级职权配置要做到集权与分权有机结合,视各层级的特殊属性和作用地位采用适当的分权管理方式;(3)院系组织管理结构的调整应遵循由“知识分化”到“学科融合”的原则,重视组织边界模糊的合理性和整体意义,将行政层级置于从属性、辅助性地位,灵活开放的管理方式更加利于跨学科、跨专业院系组织的发展。