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玉米(Zea mays.L)是当今世界重要的经济作物,随着全球的经济发展,玉米的市场需求逐渐扩大,对玉米的遗传育种的研究有待深入。遗传多样性作为生物多样性最基础的部分,在玉米遗传育种中起着关键作用。关联分析是一种基于遗传标记和性状间的关联强度来探索数量性状位点的强有力的方法,随着基因组技术的发展和统计方法的提高,关联分析已成为研究植物基因的有效手段之一。本研究以来自国内西南盆周山区的50份白玉米地方品种为材料,对其进行了基于SSR标记的遗传多样性分析,并从这50份材料中,选出了田间株高差异最大,来源地区不同(一个来自云南,一个来自广西)的2个地方品种,组配进行成对杂交,产生135个F1家系,包括70个正交家系和65个反交家系,以这135份玉米地方品种杂交F1为材料,进行玉米品种间杂交F1群体染色体上标记多态性与这些农艺性状之间的关联分析,并对这种群体进行关联分析的有效性进行模拟研究。主要结果如下：1.通过表型性状的主成分分析,SSR标记分析,对50个西南地区白玉米地方品种的种质资源分布及遗传多样性进行了研究。结果表明,白玉米地方品种农艺性状表现出很大差异,主成分聚类将其分为7个类群,大部分品种聚在一个群内,但也有少数品种单独成类；利用筛选出来的51对扩增条带清晰,具有明显多态性的SSR引物,共检测到515个多态性位点,SSR位点的平均多态性位点数为10.1个,每个位点的等位基因数为5-19个,平均为12个,多态信息量(PIC)分布范围为0.764～0.958,平均为0.885,遗传相似系数变幅在0.574～0.84之间,平均为0.6842,标记索引指数(MI)分布范围为3.819518.2077,平均值为9.7754。SSR聚类分析将所选品种分为8类,且84%的组合集中在前三大类。2.选取7个农艺性状,分别对正交家系、反交家系、所有F1家系群体以及去除正反交效应后的F1家系群体利用TASSEL软件用一般线性模型(GLM)和亲缘关系(K)作为协变量的混合线性模型(MLM)进行关联分析研究。在0.001显著水平下,四种家系群体两种模型都找到的显著标记分别为2、6、2、4个,而去除正反交效应后的F1家系群体较其他群体检测QTL的分辨率更好。3.对F1家系组成的群体分别用GLM,群体结构(Q)作为协变量的GLM,亲缘关系(K)作为协变量的MLM,以及群体结构和亲缘关系(Q+K)同时作为协变量的MLM在去除稀少等位基因(等位基因频率小于5%)的情况下进行关联分析。在0.01显著水平下,7个性状四种模型都找到的显著标记共6个,而0.0001显著水平下仅1个(秃尖长)；Q-Q图结果显示Q+K模型分辨率最高,其次为Q模型,K模型。4.根据排除正反交效应后的135个F1家系在0.01显著水平下找到的14个QTL(控制7个性状)定义遗传模型,用QU-GENE育种模拟软件模拟产生两个群体结构不同的自然群体,用QuLine育种模拟软件设计成对杂交,循环100次,产生的F1家系的基因型及表型数据用TASSEL软件进行关联分析。结果表明,遗传模型中模拟的QTL的检测功效比较高,GLM和有亲缘关系作为协变量的MLM找到QTL的平均功效分别为88.64%和83.64%；错误发现次数从GLM的399次降至MLM的199次。