自20世纪90年代开始,随着我国高等学校教育的迅猛发展,国家对高等学校的经费投入量显著增多,学校的经济活动也越来越丰富。在这样的背景下,作为高等学校内部管理职能部门之一的学校内部审计对学校教育经济活动的监督就显得及其重要。因为一个有效的内部审计不仅可以改善组织内部管理,而且在加强内部控制和风险防范以及提高经济效益等方面发挥着重要作用。而所谓高等学校内部审计,就是在做好各种各样服务保障工作的基础上,通过审查与学校国有资源有关的经济活动是否合规,是否能够促进实现学校教育事业的发展目标等方面发挥监督、管理和评价等作用的。然而学校内部审计监督审查别人,那自身的绩效又该如何评价?目前的绩效评价方法能不能够满足组织的生存和发展需要,这逐渐成为摆在高等学校内部审计面前的一个现实问题。纵观国内外与绩效评价相关的研究,学者们研究更多的是企业绩效和政府公共事业管理绩效,涉及到审计部门绩效评价的较少,尤其是高等学校内部审计,没有可直接套用的现成的模式。如此,建立一套适用于我国高等学校内部审计工作的绩效评价体系就显得尤为重要。本文利用平衡计分卡理论,吸收国内外专家的学术成果,针对湘潭大学内部审计绩效评价现状进行全面分析,通过分析发现现行内部审计绩效评价方法存在的问题,包括：与学校的发展战略和总体目标关联程度不高、绩效管理体系缺乏长期性、内部审计绩效评价缺乏客观性、评价方式“重结果、轻过程”、评价主体缺乏独立性等。然后,借鉴BSC在盈利组织、非盈利组织及部分高等学校运用的成功经验,通过分析湘潭大学内部审计战略目标,采用动态分析的方法,结合平衡计分卡理论及耦合理论,利用湘潭大学内部审计的相关数据对该绩效评价指标体系的运用进行实例研究。通过实例分析及检验,从职能业绩、内部业务流程、被审计对象以及学习与成长四个维度出发对湘潭大学内部审计绩效评价方面进行了数据分析,并就实施平衡计分卡可能遇到的障碍分别提出相关的政策建议,包括加强学校领导层及各部门的沟通、重视调动学校全体教职工参与、根据战略目标研讨评价指标的设定、较强信息系统建设、将评价结果作为激励员工的基础等。