我国海洋面积广阔，海域面积达473万平方千米，渤海、黄海、东海、南海和台湾以东的部分太平洋海域都属我国管辖。拥有大陆海岸线和岛屿海岸线分别长达18000千米和14000千米，大约280万平方千米的广阔渔场面积，疆域和渔场面积的广阔使得我国具备了得天独厚的海洋资源优势，然而，与此同时，由于具体的海洋生态环境保护举措需要因地制宜，这也大大增加了我国海洋生态环境保护工作的难度。海洋环境保护大致经历了三个阶段：第一个阶段主要是防止海洋事故对周边的大陆和海洋渔业造成财产上的损失，这个时候全世界对于海洋的认识尚局限在单纯的资源开发和利用上面，一切行动的开展以最大化的开采和利用海洋资源为导向；第二个阶段是只针对局部的、个别的海洋环境污染问题进行规范和整治；第三个阶段才开始进入全面保护阶段，开始重视海洋资源利用的可持续性及海洋生态系统价值对于人类生存的不可或缺。环境保护工作的开展是主要集中在对于资源的开发利用和出现问题的事后处理这两个层面的，并不包括其他方面的内容。然而，一个良好环境的获得需要我们做的远远不止上述两个层面，还需要我们从多个角度多个层面进行全方位的保障，因此，建立起完善的海洋生态环境保护保障机制具有十分重要的意义。本文第一部分绪论主要讲述了本文研究问题的来源意义、研究方法和创新点，应用的具体研究方法有文献分析法、比较分析法、历史分析法和经济分析法。第二部分对海洋生态环境、海洋生态环境保护、机制、保障机制和海洋生态环境保护保障机制的概念做出了相关的解释和界定，明确了需要研究的对象。海洋生态环境保护保障机制是指基于海洋生态环境保护对象所采取的，旨在确保海洋生态环境能够持续、全方位的处于被保护状态的保障机制。还阐述了贯穿文章始终的相关理论，包括可持续发展理论和经济学相关理论。本文第三部分对我国目前的海洋生态环境的现状、存在问题及成因进行了分析，发现：我国海洋生态环境总体较好，海洋功能区基本满足使用，入海排污口临近海域堪忧，海洋生态环境灾害频发。第四部分是文章的重点部分，分析了我国海洋生态环境保护保障机制的现状、存在问题及成因。我国海洋生态环境保护的主体包括：政府，企业，公众和其他组织，其中政府在海洋生态环境保护保障中占据着绝对的主导地位。我国政府对海洋生态环境保护的管理分中央和地方两个层次，中央层次主要由国家海洋局和其他担任海洋行政管理职责的职能机关组成，地方层次由沿海地方政府及其相关部门构成。该种管理结构存在以下两个问题：（1）管理主体之间权限不清。我国海洋生态环境保护保障的中央层面由国家海洋局统一协调全国的海洋生态环境保护事务，但是，地方层面上，各个地方的海洋局之间的管理权限并不明确，各地方政府之间各自为政。（2）国家海洋局任务相对繁重。大至国家海洋发展战略的制定，小至具体的地方执行，国家海洋局都占据着重要的地位。我国海洋生态环境保护法律保障体系主要有：宪法、海洋生态环境保护相关法、行政法规、海洋环境保护地方性法规和规章和其他部门法中关于海洋环境保护的法律规范。我国拥有海洋环境管理职能和执法事权的行政部门多达十多个，包括交通运输部、农业部、环境保护部、土地资源部、海关、海军、公安部和能源部等。出台的相关法律30多部，主要有《海洋环境保护法》、《渔业法》、《海关法》、《海上交通安全法》、《海域使用管理法》、《出入境管理办法》等等。文章第五部分对国外的海洋生态环境保护经验进行了分析和借鉴，得出以下经验：重视海洋科技规划，推进科技兴海战略；重视海岸带管理，对海岸带实行一体化管理；重视沿海城市群的污水和垃圾的综合治理工作；重视结果管理，量化污染指标体系，实行有力监督模式；将发展旅游业与保护海洋环境相结合。第六部分提出了完善我国海洋生态环境保护保障机制的设想，最后部分提出了关于完善我国海洋生态环境保护保障机制的配套措施。