证券投资基金作为一种利益共享、风险共担的集合投资方式,自产生以来发展迅速,已成为各国金融市场不可或缺的投资工具,对证券市场的发展发挥着越来越重要的作用。截至2011年12月31日,我国已发行基金的66家基金管理公司旗下共有基金914只,基金管理公司的资产份额总规模为26464.65亿份,管理的基金资产净值总规模为21879.79亿元,证券投资基金管理公司作为证券投资基金的核心角色,对证券市场的影响举足轻重。然而,目前我国证券投资基金管理公司却是问题重重,基金黑幕、基金丑闻等事件,严重损害了广大基金投资者的利益,促使着理论界、实践界进行着深入的反思。因此,探讨如何处理当前基金管理公司治理机制中存在的问题,切实有效的保护基金持有人的利益是具有重要意义的实践性问题。基金管理公司的治理机制包括内部治理机制和外部治理机制两方面。其中,内部治理机制又包括治理结构、激励约束机制、风险控制机制三部分；外部治理机制包括监督机制和市场机制,其中市场机制对于公司治理绩效改善有重大意义,但限于学科所限,不在本文所议之列。本文试从证券投资基金管理公司内部治理机制(内部治理结构、基金经理激励约束机制、风险控制机制)和外部监管机制(政府行政监管、基金托管人监督机制、行业自律机制)两方面入手,探讨并提出可行建议。本文共分四大部分：第一部分为证券投资基金管理公司治理概述,包括基金和基金管理公司概述、基金中各主体地位和主体问法律关系以及基金管理公司治理机制概述。第二部分讨论证券投资基金管理公司内部治理机制现存的问题。首先是基金管理公司在内部治理结构上存在的问题包括董事会和独立董事,监事会,督察长三方面。其次是基金经理人的选聘和激励机制,责任机制等问题。最后是风险控制机制的问题,包括风险管理理念淡薄,风险管理体系不健全和风险管理技术较差等。第三部分为证券投资基金管理公司内部治理机制的完善,主要针对第二部分存在的问题,提出相应的解决方案。包括内部治理结构中董事会,监事会及督察长制度的优化和改善,基金经理责任和激励机制的改革,证券投资基金管理公司内部风险控制机制的完善。第四部分是证券投资基金管理公司外部监管现存问题和完善措施。首先谈现行的外部监管模式,监管法律体系及存在的不合理之处,然后针对问题,提出完善基金管理公司外部监管机制的合理建议,包括立法的完善,行业自律水平的提高,托管人监督的加强等。