基于circRNA-miRNA网络相关性探析冠状动脉粥样硬化发病机制

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背景我国心血管病(cardiovascular disease,CVD)患病率及死亡率呈持续上升趋势,心血管病死亡占城乡居民总死亡原因的首位。据推算中国冠心病患病人数约1100万,冠心病给社会和家庭带来严重的负担[1]。冠心病是由冠状动脉粥样硬化病变引起管腔狭窄或阻塞,造成心肌缺血、缺氧或坏死而导致的心脏病。随着生物信息学技术发展,非编码RNA在人类疾病的重要作用逐渐被关注,但关于circRNA-miRNA与冠心病的关系研究较少。本研究探讨circRNA-mi RNA在冠状动脉粥样硬化发病机制作用,为寻找冠心病潜在的诊断标志物及治疗等提供参考数据。目的分析冠心病患者外周血circRNA和miRNA基因表达谱,筛选circRNA和miRNA差异表达基因,利用生物信息学方法构建circRNA-miRNA的相互作用网络图,寻找与确定冠状动脉粥样硬化相关的circRNA-miRNA关系对,对差异的circRNA和mi RNA的线性mRNA进行Disease、GO和Pathway富集分析,分析冠状动脉粥样硬化发生发展相关的机制。方法根据相关标准收集新乡医学院第一附属医院心内科住院患者,分为冠心病组和对照组,每组10例,取外周血样本。提取总RNA,采用紫外线吸收法检测总RNA的纯度和浓度,变性琼脂糖凝胶电泳检测总RNA的完整性。根据质检结果,每组取5例,运用?Capitalbiotech Human CircRNA Array V2.0(4x180K)基因芯片和Agilent人microRNA(Human miRNA Microarray Release 21.0)基因芯片对外周血circRNA和microRNA表达谱检测。筛选差异表达的circRNA和miRNA。运用miRanda软件预测miRNA可能结合的circRNA,对差异的circRNA和mi RNA对应的线性mRNA进行Disease、GO和Pathway富集分析,并通过特征对比,确定下一步临床需验证的circRNA和miRNA。结果研究结果显示:1.两组基线资料结果比较,在年龄、血压、血糖和血脂等方面无统计学意义。2.与对照组比较,冠心病组外周血中circRNA和miRNA呈差异表达,其中差异表达的circRNA为110个,上调的73个,下调的37个;而差异表达的miRNA为9个,且上调7个,下调2个。3.冠心病组外周血circRNA-miRNA呈共表达,其中has-circ0030769、hascirc0122274、hascirc0079828和hascircRNA15486161与miR-101-5p呈网络相关性。4.富集分析结果4.1 circRNA的线性mRNA的Disease分析发现10种疾病,包括范可尼贫血、生殖细胞肿瘤、动脉疾病、阿尔茨海默症和主动脉瓣疾病(P<0.05)等。miRNA的线性mRNA的Disease富集分析发现13种疾病,包括风湿病、牙菌斑、脂肪肝、脂肪代谢障碍和多囊肾(P<0.05)等。4.2 circRNA的线性mRNA的GO富集分析生物过程主要包括羧酸代谢过程、组蛋白甲基化、苏氨酸生物合成过程、组蛋白赖氨酸去甲基化、II型超敏反应等。细胞组成主要包括类核、线粒体类核、GMP还原酶复合物、核内膜、DNA依赖性蛋白激酶-DNA连接酶4复合物等。分子功能主要包括钙粘蛋白结合、DNA聚合酶结合、低密度脂蛋白受体活性、脂蛋白颗粒受体活性、去甲基化酶活性等。miRNA的线性mRNA的GO富集分析生物过程包括多细胞生物发育、RNA聚合酶II启动子转录调节、细胞过程、发育过程、细胞分化等。细胞组成主要包括核质、细胞、细胞器部分、细胞部分、蛋白复合物等。分子功能主要包括催化活性、蛋白结合、mRNA结合、转录因子结合、NADPH氧化酶活性等。4.3 circRNA的线性mRNA的KEGG Pathway富集分析发现31个通路,包括范可尼贫血通路的调节、线粒体脂肪酸β-氧化、脂肪酸、甘油三酯等。miRNA的线性mRNA的KEGG Pathway富集分析发现65个通路,包括脂质和脂蛋白代谢、血管内皮生长因子(VEGF)、甘油三酯、mTOR信号、瘦素等。结论circRNA-miRNA呈网络相关性,共表达参与冠状动脉粥样硬化的发生发展,其中hascirc0030769、hascirc0122274、hascirc0079828和hascircRNA15486161可能通过miR-101-5p调节多条信号通路参与到冠状动脉粥样硬化的发生过程。
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