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栉孔扇贝(Chlamys farreri)是我国北方最重要的海水经济养殖贝类之一,在海水养殖产业中占有极其重要的地位。目前由于对栉孔扇贝的基因组信息知之甚少,限制了许多研究工作的深入开展。本研究构建了第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,对文库的部分克隆进行了两末端测序和序列分析,并对部分克隆进行了染色体定位。主要结果如下:1、栉孔扇贝fosmid基因组文库的构建和鉴定本研究构建了第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133,851个克隆。对随机挑取的80个克隆的限制性酶切分析表明,克隆的空载率低于1.25%,克隆的插入片段大小分布在30-45 kb,插入片断平均长度为40 kb。该文库覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍,得到任意单拷贝DNA序列的概率为98.7%。fosmid克隆的稳定性检测实验表明栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。为了方便后续的PCR筛选,我们对所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并利用所构建的超级池和二级池筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2、栉孔扇贝fosmid末端序列分析随机挑取2,016个克隆进行双末端测序,获得3,646条序列。序列总长2,286,986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。对这些序列进行如下分析:首先,利用Tandem Repeats Finder (TRF)软件进行串联重复序列的查找,结果共得到2,500条重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1,816条,卫星序列313条,分别占串联重复序列总数的14.84%,72.64%,12.52%。从长度上看,所有串联重复序列总长552,558 bp,其中微卫星序列9,425 bp,小卫星序列336,001 bp,卫星序列207,132 bp,分别占串联重复序列总长的1.71%,60.81%,37.49%,占测序总长的0.41%,14.69%,9.06%。其次,通过在线服务器RepeatMasker查找,共得到317条散布重复序列,总长97,412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子。其中LINE反转座子的数目最多,其次是LTR反转座子,DNA转座子和滚环转座子。从重复序列的长度上看,LTR反转座子最长,其次是LINE反转座子,DNA转座子和滚环转座子。由此可见,栉孔扇贝基因组中反转座子所占比例要远高于DNA转座子。最后, BLAST比对结果表明在3,646条序列中,有1,383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E< e-5),占测序总数的37.93%。BLASTN比对有明显相似性的1,036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条。BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%。3、栉孔扇贝fosmid克隆的染色体定位分析根据对fosmid两端序列的分析和PCR筛选文库的结果,我们选择了12个克隆进行FISH定位。其中8个克隆为重复序列,有4个有单一的染色体定位,其余4个克隆在染色体上的位置不单一,出现在几条甚至所有染色体上。剩余的4个克隆据分析有可能是单拷贝或低拷贝序列,我们尝试对它们进行染色体定位。当没有C0t-1 DNA封阻时,背景很高;但加入C0t-1 DNA封阻后,其中的3个克隆信噪比提高,可以确定阳性信号的位置。最终,12个克隆中有11个成功得以定位,去除3个不适合用于染色体鉴定的克隆,其余8个克隆成功实现了8条染色体的区分鉴定。这将有利于栉孔扇贝细胞遗传学研究,比如染色体重排,基因的染色体定位,染色体特异性文库和标记的发展等工作的开展。