随着全球一体化的进程，国家间的竞争已经从政治、经济、国防等方面的竞争逐渐转移到科学技术的竞争，在当前国际金融危机持续蔓延，世界经济复苏乏力的背景下，科技进步和科技创新是实现经济复苏和未来发展的持久动力。近年来，为了提升综合国力和实现可持续发展，各国不断加大科技投入，我国也十分重视加大科技投入，党的十八大把科技创新摆在国家发展全局的核心位置，强调大力实施创新驱动发展战略。内蒙古自治区从2002年到2009年，连续8年经济发展增速在全国保持第一，经济社会发展取得巨大成就。但是也应当清醒的看到，目前内蒙古欠发达的基本区情没有根本改变，发展不足依然是主要矛盾。同时，内蒙古的发展主要依靠能源资源优势，发展中的科技含量不高。因此，从要素驱动或投资驱动阶段向创新驱动阶段转型，以提高科技创新能力促进发展方式的转型升级，是内蒙古经济实现可持续发展的新动力。从内蒙古自治区财政科技支出情况来看，财政科技投入虽然实现了逐年增长，但仍然处在一个较低水平上。因此，要成功实现经济转型，一方面，自治区各级政府应当不断加大科技投入，提高经济发展的科技含量，确保经济社会发展的可持续性；另一方面，要加强科技投入绩效分析评价，以绩效评价结果作为资金投入导向，使有限的资金发挥更高的效能，提高财政资金使用效率。本文对公共财政支持内蒙古科技发展现状和财政科技投入现状进行了分析，对目前内蒙古科技发展存在的问题和面临的挑战进行总结。同时，以数据包络分析方法（DEA）为基础，构建了各盟市财政科技投入绩效评价模型，对各盟市科技投入与科技产出的整体效率分析、技术效率分析和规模效率分析，得出了我区财政科技投入总体规模偏小，科技资源配置不合理等初步结论。分别通过定性分析和定量分析两种方法对内蒙古自治区财政科技投入情况进行了分析，两种分析方法在结论上既有一致的方面，也有相互矛盾的方面，但无论是一致的方面还是矛盾的方面，只要立足于内蒙古自治区的实际来综合分析，就会得出一些十分符合我区实际的具有实际指导意义的结论，甚至一些矛盾的方面恰恰是提高我区财政科技投入亟需解决的关键问题。针对DEA分析得出的结果，提出提高财政科技资金分配和使用效率的对策建议，为下一步各盟市科技投入重点、优化财政科技资金在盟市间的分配和构建可持续发展的科技支撑体系方面提供参考。本文立足于财政视角，具体提出以下结论：一是继续加大科技投入，合理配置科技资金；二是加强科技资金管理，提高资金使用效益，三是健全科技人才激励机制，实现科技型人才合理配置。