随着知识经济时代的到来,高新技术企业作为微观经济主体中最具发展潜力的企业类型,逐渐成为知识经济发展的主要支撑力量。而在创新驱动经济发展的新常态下,高新技术企业作为重要助推力量,其科学良性的发展成为社会普遍关注的焦点问题。在国家政策以及政府财政的大力支持下,高新技术行业发展迅猛,高新区的数量以及企业的数量大幅度增加,在一定程度上带动了创新经济的发展。但是,高新技术企业在享受国家众多红利的同时,巨大的风险应运而生,由于高新技术企业特殊的税务特性,在众多风险中对其影响最大的便是税务风险,若不加以严格管理,会给高新技术企业带来巨大的税收损失。因此,对于微观企业来说,企业内部控制税务风险的重要地位在不断提高。在众多高新技术企业诞生之余,国家对高新技术企业的资格认定工作也越来越严格,这对高新技术企业的内部控制水平也提出了更高的要求。在不断变化的税收环境下,高新技术企业如何通过内部控制来管理和应对外界以及经营过程中产生的税务风险,这一问题成为当下高新技术企业走良性发展道路中亟待解决的关键问题。本文基于COSO内部控制的五大要素,对高新技术企业税务风险的管理进行详细的研究。通过对S企业案例的研究,结合该企业的财务数据、税款具体缴纳情况和内部控制基本情况,对企业存在的政策性风险和合规性风险进行识别,发现案例企业不仅存在涉税业务操作上的风险,还存在政策利用上巨大的涉税风险,同时还隐藏着涉税管理上的潜在风险点。通过进一步具体分析S企业税务风险管理存在的问题,发现案例企业存在税务风险管理意识薄弱、内部控制不健全等税务风险管理上的漏洞,造成了企业出现较大的税务风险,甚至出现严重的税收损失。最后,从S企业的案例分析中总结出一套理论上更加健全完善的税务风险管理内部控制体系,提高企业的风险管理效益,以供高新技术企业参考借鉴。同时期望以此促进税收优惠与创新驱动在高新技术企业发展中形成良性循环,促进高新技术企业的可持续发展。