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近年来,虽然海水鱼类养殖业发展迅速,但育种工作的滞后却成为制约养殖业进一步发展的瓶颈。牙鲆、大菱鲆、真鲷是当前我国重要的海水养殖鱼类。然而,对这些鱼类育种工作中遇到的一些基础问题如群体遗传结构分析、选择性养殖群体同普通群体的遗传差异比较、超低温保存后鱼苗的遗传多样性评估、微卫星标记筛选等研究较少,本文针对这些重要海水养殖鱼类在育种工作中遇到的上述问题利用AFLP、SSR、ISSR、RAPD分子标记技术进行了探讨。利用AFLP、SSR、ISSR、RAPD标记比较了牙鲆普通群体和选择性养殖群体的遗传结构差异;利用AFLP标记筛选到了部分牙鲆抗病候选标记;利用SSR标记分析了超低温保存精子孵化的大菱鲆的遗传多样性;从真鲷cDNA文库中开发了一批微卫星标记;以期加快这些重要海水养殖鱼类在遗传变异分析、分子标记辅助育种、重要经济价值基因定位及遗传图谱构建等方面的研究工作。本文的主要工作及结论如下: 1.利用10对AFLP引物组合对三个牙鲆群体60个个体进行了遗传结构分析。 普通群体、感病群体和抗病群体扩增的条带总数分别为491、462、485,两个选择性养殖群体的总带数都低于普通群体。普通群体的多态性位点总数为323,而感病群体和抗病群体分别为284和279,普通群体的多态性位点总数显著(P<0.05)高于选择性养殖群体。三个群体的多态位点百分比(PPB)分别为65.78%(普通群体),61.47%(感病群体),60.927%(抗病群体)。另外,发现三个群体的一些AFLP位点存在频率差异。在低频区间(0～0.2),普通群体的位点数显著(P<0.05)多于两个选择性养殖群体;而在高频区间(0.6～1.0),选择性养殖群体的位点数又多于普通群体。这说明选择性养殖群体同普通群体之间已经产生了一定的遗传距离。 2.利用61对AFLP引物组合扫描了牙鲆感病群体和抗病群体各20个个体,虽然没有发现在一个群体中全显性而在另一个群体中全隐性的标记。但有一些