当前我国经济正处于新时期,为了保持经济的稳定增长,不断探索新的经济增长点,就需要通过创新来实现,研发投入作为创新的重要指标,在国民经济中的重要性不言而喻。而企业的研发投入中占据社会主体地位,因此,企业的研发投入问题成为经济发展中的重中之重。而新三板创新层企业具有创新驱动的本质属性和对创新的现实选择,对其研发投入进行研究对促进企业发展、产业升级和国民经济增长具有重要意义。本文首先通过对资源基础理论和新古典学派的创新理论进行回顾,再从内部、外部以及综合研究角度对研发投入研究领域的文献进行梳理,深入分析各个因素对研发投入的作用,基于上述分析构建了文章的概念模型,并提出文章的研究假设;其次,以新三板创新层企业为研究样本,运用统计分析软件对样本企业进行描述分析,了解新三板创新层企业的基本概况,采用半参数计量模型,验证概念模型和研究假设,并对新三板创新层企业的两大主要行业进行分别讨论,使研究结果更具针对性;最后,得出主要研究结论:新三板创新层企业的技术人员比例、员工教育水平和政府补助对研发投入强度具有正向影响,但盈利水平和企业规模负向影响企业研发投入强度。此外,新三板创新层两大主要行业的研发投入影响因素具有显著差异。研究不仅丰富了资源基础理论和创新理论,也得出企业需要合理配置要素投入、政府需要提高财政支持的效率、企业资源配置要因行业而异等政策建议。