工程车辆的远程通信是工程车辆远程故障诊断系统中的重要环节，在整个工程车辆远程故障诊断系统中起到了承上启下的作用。近些年对如何提高数据传输速率、提高传输效率等方面研究人员提出了许多改进措施，但是对于如何保障数据信息能准确安全地传送，尤其不能被外部攻击者所恶意攻击，即如何保障数据的准确性一直是被研究人员有些忽视的一个方面。在网络通信安全方面，最有效、最直接的解决方法就是安全协议。安全协议可以有效地解决抗拒绝服务、消息的完整性、授权、匿名通信、目标认证、抗抵赖、目标认证和源认证等一系列重要的安全问题。所以本文的主要研究对象是在工程车辆远程通信系统背景下的网络安全协议。本论文分析并研究了网络安全协议的安全威胁方法，并对分析网络安全协议的两种手段——形式化分析方法与非形式化分析方法作了对比分析，确定了以非形式化的分析方法进行网络安全协议的分析。在常见的分类方式上提出一种新的分类方式，即基础理论安全协议与实际应用安全协议。并分别对这两种协议在工程车辆远程通信系统中的代表协议——Woo-Lam协议与GPRS认证协议进行了深入研究。本文研究了一种具有可信第三方服务器的Woo-Lam协议，指出了它在可信第三方服务器的签名上存在新鲜性的漏洞，并对此漏洞找到了一种新的攻击模式，提出了在可信第三方服务器签名中加入时间戳标识的改进措施，提高了协议的安全性。对于GPRS认证协议，本文通过对现有认证协议的分析，发现了安全性差、认证网关的负载高、认证时间长等缺点。通过加入同步计数器与改变认证网关对此协议作了改进。提高了整个认证协议过程的安全性，减少了认证网关的负载与认证时间。