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目的：右心发育不良综合征(Hypoplastic Right Heart Syndrome, HRHS)是以不同程度的右心室发育不良及三尖瓣和(或)肺动脉瓣的发育不良(闭锁或狭窄)为特征的一组先天性心脏病(Congenital Heart Disease, CHD);第二生心区(Second Heart Field, SHF)做为右室发育的细胞来源,其相关基因在胚胎期调控右室及流出道发育中发挥重要作用。基因工程动物实验显示,敲除SHF转录因子,存活动物表型与HRHS一致。故提出假设,SHF发育相关基因发生突变可能导致HRHS的发生；本实验计划通过候选基因二代测序的方法探寻SHF发育相关基因变异与HRHS发生的关系。方法：本实验收集在我院接受手术治疗的31例HRHS患儿做为病例组,及383例单纯冠心病病人(心脏超声排除结构性心脏病)做为对照。外周血提取DNA。取第一批16个HRHS患者DNA对17个基因Hand2, Smydl, Mef2c, Tbx20, Foxhl, Isletl, Gata4, Gata5, Gata6, Nkx2-5, Foxcl, Foxc2, Foxa2, Tbxl, Shh, Fgf8,Fgf10全长进行PCR扩增,扩增产物进行Ion Torrent二代测序,将测序资料与千人基因组中1092个正常人的信息比对并生物信息学分析；选取基因功能区的变异位点进行sanger测序验证,将验证位点在31例病例及383例对照中进行Sequenom MassARRAY(?)SNP检测。结果：将17个基因的exon, promotor, enhancer binding cite,3’UTR及5’UTR等功能区做为一个总体进行分析发现,Foxa2, Nkx2-5, Hand2, Tbxl, Fgf8, Isl-1, Foxc2, Gata6, Mef2c, Tbx20等10个基因低频变异(MAF≤5%)出现频率病例组明显高于千人基因组(p<0.05)；其中Foxa2(p=3.16×10-16), Nkx2-5(p=2.91×10-8), Hand2(p=2.48×10-6), Tbx1(p=2.48×10-6), Fgf8(p=1.96×10-4), Isl-1(p=1.96×10-4), Foxc2(p=0.014), Gata6(p=0.014)这8个基因功能区的低频变异在1000Genomes中为0,而在HRHS组却有不同程度的低频变异。Mef2c的功能区低频变异较无功能区低频变异能够使HRHS的发病风险增加22倍(OR值为23.49,95%CI为8.27-66.69,p=7.8×10-15),而Tbx20的低频变异增加HRHS发病风险15倍(OR值为16.54,95%CI为4.27-64.11,p=8.3×10-6)。选取19个变异位点并进行Sanger测序验证,位点均存在,进一步质谱分析发现常见变异Gata5:rs6061550C>T携带TT纯合突变者发生HRHS的风险是携带CC+CT的5.51倍(OR=5.51,95‰CI=2.55-11.89,p=2.02×10-6)。而Foxc2rs34221221A>G若以野生纯合子AA做为参照,则突变纯合子GG可以增加HRHS的发病风险2.6倍(OR=3.6,95%CI=1.20-10.81,p=0.043)。结论：第二生心区发育相关基因低频变异和常见变异都在HRHS发生中发挥重要作用。Foxa2, Nkx2-5, Hand2, Tbxl, Fgf8, Isl-1, Foxc2, Gata6, Mef2c, Tbx20等10个基因功能区的低频变异能够显著增加HRHS的发病风险；而Gata5及Foxc2.常见变异也能显著增加HRHS风险。据此,我们推测HRHS的发生存在三种可能性,其一是SHF相关基因易感SNP在特定环境作用下导致了HRHS的发生；其二是SHF基因低频变异引起的信号通路障碍导致了HRHS的发生；或者是镶嵌模型,即常见变异增加了个体易感性的同时,低频变异导致了HRHS的发生。