近年来，中亚国家经济持续快速增长，居民的社会购买力增强，进口需求强劲，市场消费结构升级，但工业和农业发展基础设施薄弱，表现在供给不足的农产品，除棉花、小麦等少数农产品满足国内需求外，大部分农产品，特别是蔬菜、水果等新鲜农产品和加工农产品主要依靠进口供应，为新疆出口农产品进入中亚国家市场提供了极大的发展空间，成为新疆与中亚国家开展经贸合作的动力与潜力。而果蔬类出口其他国家的趋势也日渐明显，因此在出口农产品贸易额稳步增加的良好态势下，对于促进新疆跨越式发展具有举足轻重的作用，而新疆出口农产品冷链物流的发展为贸易便利化又起到了相当关键的作用。本文通过应用产业组织理论，结合国内外经济背景，以市场为导向，对新疆从事出口农产品冷链物流的行业尤其以企业为主，对其市场结构、企业行为、绩效进行了分析研究，通过因子分析法着重对其绩效进行评价，从而探讨影响新疆出口农产品冷链物流发展的问题，并尝试提出适合新疆自身的措施和建议。结合论文的分析得出以下结论：（1）对新疆冷链物流产业的市场结构进行了分析，指出新疆冷链物流产业存在生产分散、集中度低的特征，尤其是第三方冷链物流企业发展缓慢，覆盖面小导致发展冷链物流成本过高，因而要大力发展第三方冷链物流。（2）从行业结构来看新疆冷链物流产业目前未形成协同合作的良性关系，在合作方面尚未形成体系，没有形成联盟导致价格方面水涨船高而造成农民将果蔬采取冷链措施该想法实施起来慢，从而降低了订单的生成率。（3）通过因子分析来对新疆从事出口农产品冷链物流的企业进行绩效评价，得出由于政府的大力支持和相应政策的带动下，一些龙头型农产品企业可以更好地发展冷链物流，无论在硬件还是软件上都可以更好地发展冷链物流，而代理型企业则发展较慢，因而更应该发展以龙头带动为主，大力发展代理型尤其是第三方冷链物流企业，从而长久地发展新疆出口农产品冷链物流。