随着全球化进程的推进,创新已成为推动企业、地区乃至国家经济发展的决定性因素。为了更好地应对新形势带来的挑战,各创新主体应当把握最新的创新特征和趋势,适应创新生态系统这一新的创新模式。科学有效的利益分配作为影响创新主体合作关系的关键因素,对于维系创新主体合作关系和谐、实现创新活动的稳定开展以及创新生态系统的平稳运行发挥着重要作用。首先,本论文针对创新生态系统和利益分配机制两方面的文献进行了梳理,明确了研究方向。其次,对创新生态系统中的创新主体进行了分析定位,并研究了其互动行为以及形成原因。再次,从Nash模型、信息不对称以及产权结构三个角度出发,制定了相应的利益分配方案,并根据创新主体合作模式的不同选取了适宜的利益分配方式。在制定利益分配方案的过程中,本论文引入了创新投入、风险承担、核心能力三方面因素对Nash模型进行了修正。而后,针对确定的三种利益方案,本论文依次选取了校企合作、企业间合作以及企业与风险投资机构间合作的案例展开了分析,验证了三种利益分配方案的可行性。最后,从创新主体、利益分配方案以及运行环境三个角度提出了保障利益分配机制有效运行的相关建议。本论文的创新点在于选取了创新主体利益分配问题作为研究视角,引入风险因素对Nash模型进行了修正,并构建了基于信息不对称和产权结构的利益分配方案。