当今，世界经济的发展呈现出越来越强的区域化特征，区域正逐渐成为经济协调的重要基础。与国家经济发展一样，当代区域经济的发展主要不再依赖要素和资源，而主要是依赖科技创新。特别是本地化的自主创新成为区域发展的内在动力，无论是区域内产业所形成的核心竞争力还是企业的核心竞争力，都是长期创新累积的结果。区域的科技创新能力正日益成为地区经济获取国际竞争优势的决定性因素和区域经济参与者竞争优势的重要标志。从区域层次来研究创新系统乃是时代经济发展的必然要求。 在区域创新系统的科技创新过程中，由于创新主体的多样性、创新过程的不可分割性和不确定性以及创新收益的非独占性等原因，在不完全竞争市场状况下，市场机制不能完全实现对全社会有益的最优资源配置，也就不可能产生最大的创新绩效。此外，也可能存在市场机制虽然具有调节能力，但调节的方向与区域系统的利益发生矛盾。这都需要政府的力量参与调节，以保证全社会的整体利益最大化。 为促进区域内各创新主体之间知识、信息和资源交流，实现创新资源的最优化配置，以提高区域创新绩效，当地政府机构应进行科学合理的政策选择。 本文基于耗散结构理论等系统论视角对区域创新系统的概念、特征、组成、结构、运行机制及创新障碍进行了深入的分析。提出区域创新系统在非线性机理和涨落机理下，存在两种作用机制，即在微观层面上包括知识、信息和资源的流动；在宏观层面上表现为产业集聚一产业群集一创新群集。并在此基础上从创新主体、创新界面和创新环境三个层面提出了一套基于演进范式的科技政策体系，在政策过程中强调政府的学习以及科技创新政策的选择与区域创新系统两种机制的协同演化。最后，对深圳市高新技术产业园区的科技创新政策进行了系统论视角的全新考察。