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黑松露(Tuber melanosporum)是一种生长于地下的稀有珍稀野生食用真菌,具有极高的营养保健价值。因价格昂贵,被称为餐桌上的“黑色钻石”。我国云南等地有少量分布,但其野生种群遗传多样性等相关研究尚属空白。到目前为止,通过应用EST-SSR分子标记研究动植物遗传多样性已经相当普遍,但在真菌中,最近只有关于香菇的报道,其他品种却鲜有报道。本研究首先对国外著名的SSR搜索软件进行本地化,验证有效后利用该软件并结合生物信息学方法对NCBI网上公开的7254条黑松露EST进行了搜索,共检索出276个SSR,平均布距离为1.2kb,检出率为3,80%,包括167种重复基元。其中三核苷酸和六核苷酸重复单元出现的频率基本相近,占总SSR的近96.4%,居于所有EST—SSR的主导地位;其它重复类型所占比例均不足0.6%。CAG和CAGCAA是三、六核苷酸中出现次数最多的类型,分别占三、六核苷酸重复类型的21.0%和3.6%。研究结果对今后黑松露种质资源鉴定,遗传图谱构建、比较作图等打下了坚实基础。本研究尝试本地化在线SSR搜索程序websat,为我国开发自己的生物信息学软件探索出了一条新途径。