黑松露（Tuber melanosporum）是一种生长于地下的稀有珍稀野生食用真菌，具有极高的营养保健价值。因价格昂贵，被称为餐桌上的“黑色钻石”。我国云南等地有少量分布，但其野生种群遗传多样性等相关研究尚属空白。到目前为止，通过应用EST-SSR分子标记研究动植物遗传多样性已经相当普遍，但在真菌中，最近只有关于香菇的报道，其他品种却鲜有报道。本研究首先对国外著名的SSR搜索软件进行本地化，验证有效后利用该软件并结合生物信息学方法对NCBI网上公开的7254条黑松露EST进行了搜索，共检索出276个SSR，平均布距离为1.2kb，检出率为3,80%，包括167种重复基元。其中三核苷酸和六核苷酸重复单元出现的频率基本相近，占总SSR的近96.4%，居于所有EST—SSR的主导地位；其它重复类型所占比例均不足0.6%。CAG和CAGCAA是三、六核苷酸中出现次数最多的类型，分别占三、六核苷酸重复类型的21.0%和3.6%。研究结果对今后黑松露种质资源鉴定，遗传图谱构建、比较作图等打下了坚实基础。本研究尝试本地化在线SSR搜索程序websat，为我国开发自己的生物信息学软件探索出了一条新途径。