鸢乌贼由于生物量巨大、对捕捞压力的耐受性强，被认为是南海大洋性渔业资源中最具开发潜力的种类。目前南海鸢乌贼的基础生物学信息仍非常缺乏，尤其是其种群遗传结构信息的缺失，给“管理单元划分”等鸢乌贼资源开发措施的制定带来了很大的困难。因此，本研究选用微卫星分子标记，在南海采集鸢乌贼地理群体样品，对南海鸢乌贼的种群结构进行了细致的分析。本研究主要包括两部分内容：鸢乌贼微卫星标记的开发和南海鸢乌贼的种群遗传结构分析。（1）鸢乌贼微卫星标记的开发首先通过“磁珠富集法”构建南海鸢乌贼的微卫星片段富集文库，经过筛选获得200个含有微卫星片段的阳性克隆子。对其测序后设计出153对引物。然后，使用一个采自南海美济礁附近海域的鸢乌贼群体（样本量48）对上述引物进行筛选。最终获得扩增稳定性好、特异性强且多态性丰富的21个微卫星标记。其等位基因数的分布范围为6-32，平均值为15.952；表观杂合度的分布范围为0.188-0.890，平均值为0.666；期望杂合度的分布范围为0.322-0.964，平均为0.830；全部标记无连锁不平衡现象存在，有5个标记背离“哈迪—温伯格”平衡，4个标记可能含有零等位基因。（2）南海鸢乌贼的种群遗传结构分析从上述标记中筛选出遗传属性优秀的12个微卫星标记，对南海鸢乌贼6个地理群体进行等位基因分型，以获取南海鸢乌贼的遗传多样性信息。其结果是，在6个不同地理群体中总共检测出181个等位基因，微卫星标记的等位基因平均数值为15.08，分布范围为5-22；在所有“群体—标记”组合中，表观杂合度的分布范围为0.354-0.875；期望杂合度的分布范围为0.401-0.946；各群体平均表观杂合度的分布范围为0.652（南沙群岛中部）-0.698（南沙群岛南部）；期望杂合度的分布范围为0.769（南沙群岛中部）-0.846（南沙群岛南部）；在总共69个“群体—标记”组合中，在经过“Sequential Bonferroni”校正后，有3个组合背离“哈迪—温伯格”平衡（校正P值≤0.00417）。对南海鸢乌贼的种群遗传结构进行分析，遗传分歧分析结果表明，绝大部分的遗传差异（99.61%）位于地理群体内部，仅有少量（0.39%）位于地理群体间，整体固定指数（Overall FST）为0.391。多维尺度分析结果显示，6个地理群体在2维图上分布比较分散且地理群体间无聚类现象，表明6个地理群体间的遗传距离与实际地理无明显关系。地理距离隔离检测结果表明，南海鸢乌贼群体对间遗传关系与地理距离间不存在显著的相关性（r=0.0696，P=0.605）。个体分配分析表明，种群数K设定为2时，中沙群岛东部群体中80.8%的个体被分配到假设种群1，在南沙群岛南部群体中75.9%的个体被分配到假设种群2。其余四个种群的个体在假设种群1和假设种群2中分配比例比较均衡，当种群数K设定为3时，各地理群体的个体在3个假定种群中的分布比较均匀，未能明确地阐明南海鸢乌贼的种群分布状况。从整体上看，在南海海域范围内存在着两个鸢乌贼种群，这两个种群分别主要分布于中沙群岛东部和南沙群岛南部，其余四个采样区域的鸢乌贼都是这两个鸢乌贼种群的混合群体。本研究为南海鸢乌贼资源的合理开发、可持续利用提供了科学依据。