实时荧光定量逆转录PCR检测人类鼻病毒和偏肺病毒的研究

来源 :湖南师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:fencer_200
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目的:  1.建立人类鼻病毒A、B、C三个亚型和偏肺病毒的实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR),评价其线性检测范围、最低检测限、重复性和交叉反应性;  2.以传统PCR产物的测序结果为参照,比较实时荧光定量逆转录PCR分别检测鼻病毒和偏肺病毒的灵敏度和特异性;  3.了解鼻病毒和偏肺病毒性别和季节分布情况、合并感染情况,了解病毒载量和感染疾病种类、临床症状的相关性。  方法:  1.根据文献合成鼻病毒A、B、C三个亚型和偏肺病毒的引物和探针,利用中国疾控中心惠赠的鼻病毒A、B、C三个亚型阳性标本和偏肺病毒阳性标本,制备鼻病毒A、B、C三个亚型及偏肺病毒转录RNA标准品,建立鼻病毒A、B、C三个亚型和偏肺病毒实时荧光定量逆转录PCR标准曲线,分别检测方法的线性检测范围、最低检测限、重复性。鼻病毒和偏肺病毒分别和呼吸道合胞病毒、腺病毒、博卡病毒Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型、副流感Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型、甲型流感、乙型流感、冠状病毒NL63、冠状病毒HKU1、冠状病毒OC43、冠状病毒229E进行交叉反应及鼻病毒和偏肺病毒相互之间进行交叉反应;  2.运用传统PCR和实时荧光定量逆转录PCR分别检测鼻病毒和偏肺病毒。将传统PCR扩增产物进行电泳,电泳阳性的标本将其扩增产物进行序列测定,经测序比对后与鼻病毒基因序列或偏肺病毒基因相符者则视为传统PCR检测阳性,反之则视为阴性,比较鼻病毒和偏肺病毒两种检测方法的检出率、灵敏度和特异性;  3.用实时荧光定量逆转录PCR检测甘肃兰州急性呼吸道疾病患儿的下呼吸道临床标本222份,对鼻病毒和偏肺病毒感染在急性呼吸道疾病患儿中的性别和季节感染情况、合并感染情况、病毒载量和感染疾病种类、临床症状的相关性进行统计学分析。  结果:  1.鼻病毒A、B、C三个亚型线性检测范围分别为10-108copies/μl、10-108copies/μl、103-108copies/μl,最低检测限分别是10copies/μl、10copies/μl、103copies/μl,相关系数分别为0.999、0.997、0.998,扩增效率分别为92.77%、93.45%、96.48%,组内CV值小于3%;偏肺病毒线性检测范围是10-108copies/μl,最低检测限是10copies/μl,相关系数是1,扩增效率是91.62%,组内CV值小于3%。鼻病毒和偏肺病毒实时荧光定量逆转录PCR相互之间无交叉反应,与呼吸道合胞病毒、腺病毒、博卡病毒Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型、副流感Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型、甲型流感、乙型流感、冠状病毒NL63、冠状病毒HKU1、冠状病毒OC43、冠状病毒229E无交叉反应;  2.222份下呼吸道标本中,传统PCR检测出57份鼻病毒阳性,检出率是25.67%,实时荧光定量逆转录PCR检出鼻病毒60例,检出率是27.02%,x2=1.33,P>0.05,两种方法检出率差异无统计学意义。与传统PCR对比,实时荧光定量逆转录PCR的敏感性和特异性分别是100%和98.18%;  3.222份下呼吸道标本中,传统PCR检测出的偏肺病毒阳性标本13例,检出率是5.86%,实时荧光定量逆转录PCR检出偏肺病毒21例,检出率是9.90%,x2=6.12,P>0.05,两种方法检出率差异无统计学意义。与传统PCR对比,实时荧光定量逆转录PCR的敏感性和特异性分别是95.65%和97.98%;  4.鼻病毒检出率,男童高于女童,差异有统计学意义(x2=8.28,P<0.05),偏肺病毒男女检出率差异无统计学意义(x2=0.32,P>0.05);小儿感染鼻病毒在春、夏、秋三季的检出率比冬季多(x2=27.12,P<0.05),差异有统计学意义;小儿感染偏肺病毒春、秋、冬三季检出率较夏季多(x2=9.229,P<0.05),差异有统计学意义;鼻病毒合并感染位于前三的病毒是腺病毒、博卡病毒和呼吸道合胞病毒,偏肺病毒合并感染位于前三的病毒是呼吸道合胞病毒、副流感Ⅲ型和腺病毒;鼻病毒和偏肺病毒载量与感染疾病种类和临床特征,差异无统计学意义。  结论:  1.成功建立了鼻病毒A、B、C三个亚型及偏肺病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法;  2.鼻病毒和偏肺病毒实时荧光定量逆转录PCR是能够检测鼻病毒和偏肺病毒敏感性和特异性均较好的方法;  3.鼻病毒检出率,男童高于女童,偏肺病毒检出率,男女童无显著差异;春夏秋三季小儿感染鼻病毒较冬季多,春秋冬三季小儿感染偏肺病毒较夏季多;鼻病毒和偏肺病毒载量和感染疾病种类、临床症状差异无统计学意义。
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