本文应用RAPD及ISSR分子标记，对来源于黑龙江、吉林、辽宁、北京的北五味子和购于四川、湖南、山西、西安的南五味子共20分样本进行了DNA指纹分析。从100个RAPD引物和30个ISSR引物中分别筛选出20、9个扩增结果稳定、扩增条带清晰的引物。其中，8个RAPD引物和5个ISSR引物扩增出的带可以将南、北五味子区分开。用筛选出的引物对所有五味子样本进行PCR扩增，得到DNA指纹图，同时对电泳条带进行基于遗传相似度的聚类分析。从DNA指纹图中可见南、北五味子内部同一引物扩增出的条带基本相同；在南、北五味子间，仅有少数引物得到可以明确区分两者的不同条带。计算得南、北五味子作为两种不同物种的遗传相似度为0.575；南、北五味子不同居群间的遗传相似度范围分别为0.856～0.947、0.902～0.993。这与指纹图显示的信息一致，即南、北五味子内部不同居群间的遗传变异很小，作为不同的物种两者的遗传背景有较大差异。 在药物有效成分含量分析方面，本文采用《中华人民共和国药典》中规定的高效液相色谱法对所有样本进行了五味子醇甲的含量测定。同时，尝试使用了先进的毛细管电泳法。两种方法测得的结果相关性好，相关系数r=0.9596。实验所用全部北五味子中五味子醇甲的含量均高于药典中规定的0.4％，是合格的五味子药材。其中产于南岔的北五味子含量最高，达0.829％，其次为本溪、呼玛。结合DNA指纹分析，引物SBSD18对这三者均扩增出一条特异带，其它产地南、北五味子无此带。 本研究筛选得到的RAPD及ISSR引物可用于南、北五味子类药材的分子鉴定。南岔地区的五味子质量好，五味子醇甲含量高，是培育五味子优良品种的首选引种之地。引物SBSD18扩增所得特异带可初步作为五味子品质优良的特异性标记，在种苗的早期品质鉴定方面应用价值很高。