基于近似似然的MCMC方法在RNA干扰模型中的应用

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RNA干扰现象是一种由双链RNA诱导的转录后基因沉默现象,普遍存在于生物体内。作为一种高效的、强特异性的基因调控技术,RNA干扰有着广泛的应用领域。在其诸多应用中,都应该需要一个能够描述siRNA剂量与RNA干扰效应之间关系的RNA干扰定量模型作为理论支撑。然而,有关RNA干扰定量模型的研究却不多。本文在前人研究的基础上,做了更深入的探索,主要内容有三点:1.结合RNA干扰过程中mRNA的降解时滞和运输时滞,得到了 RNA干扰的时滞微分方程模型,之后对该模型做了详尽的定性分析与参数敏感性分析;2.根据优化控制理论,给出了 siRNA剂量优化问题的求解方法;3.对于实验数据稀少且有噪音的RNA干扰模型参数推断问题,提出了一种基于近似似然的MCMC方法。研究结果表明,时滞的引入会影响RNA干扰模型的唯一的正平衡点的稳定性,随着时滞的增加,平衡点将会通过Hopf分支失稳,并且在Hopf分支处,系统出现极限环;此外,对比时滞模型和无时滞模型的优化控制结果,我们发现时滞模型下的最优siRNA剂量要少于无时滞模型下的剂量,其RNA干扰效果也要优于无时滞模型;最后,我们讨论了提出的几种近似似然的方法的优劣性,建议使用基于近似贝叶斯推断算法带有均匀核或高斯核的近似似然方法。本文就RNA干扰的应用领域,研究了 RNA干扰定量模型的动力学行为及其参数推断方法,拓展了 RNA干扰的研究内容,对以后的RNA干扰应用与研究具有一定的指导意义。
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