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笛鲷属(Lutjanus)鱼类隶属鲈形目(Perciformes)笛鲷科(Lutjanidae),是广泛分布于热带和亚热带的岩礁鱼类,是我国南海海域重要的捕捞和海水网箱养殖对象之一。本文采用SSR标记和D-loop序列分析两种分子技术,分析三亚海域红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterus)的野生及养殖群体、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)的野生及养殖群体;湛江及三亚2个不同海域千年笛鲷(Lutjanus sebae)的养殖群体、孟加拉笛鲷(Lutjanus bengalensis)和四带笛鲷(Lutjanus kasmira)的野生群体5种笛鲷10个群体的遗传多样性及群体分化水平。采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷(Lutjanus campechanus)和勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)的微卫星引物中筛选出适用于红鳍笛鲷、紫红笛鲷、千年笛鲷、孟加拉笛鲷和四带笛鲷的微卫星引物,结果表明:在千年笛鲷中有13对引物可扩增出重复性好的特异性条带;在紫红笛鲷和孟加拉笛鲷中都各有12对引物可扩增出重复性好的特异性条带;在红鳍笛鲷和四带笛鲷中都各有10对引物可稳定扩增出特异性条带。10个笛鲷群体的多态信息含量(polymorphism information content)在0.3854~0.5660的范围内,期望杂合度(Expected Heterozygosity)在0.4843~0.6141的范围内。SSR标记群体遗传变异的结果表明:除了千年笛鲷的两个养殖群体遗传多样性稍低以外,其他群体的遗传多样性都较为丰富;而且同种笛鲷不同群体间都存在不同程度的遗传分化。测定10个笛鲷群体84个个体的D-loop全序列,共检测到78种单倍型。10个群体的单倍型多样性为0.8930~1.0000,群体内核苷酸多样性水平(Pi)平均为0.0035~0.0229,平均核苷酸差异数(K)为3.0560~19.8570,与SSR技术所得结论一致:除了千年笛鲷的两个养殖群体遗传多样性稍低以外,其他群体的遗传多样性都较为丰富。这五种笛鲷中,紫红笛鲷养殖与野生群体之间的分化最大,遗传距离为0.1900;养殖千年笛鲷湛江与三亚群体之间的分化最小,遗传距离为0.0050。