发展战略性新兴产业是提升企业竞争力的的重要举措,是建设创新型国家的根本要求。“十三五”规划再一次强调要重视战略性新兴产业的发展,并提出,到2020年,战略性新兴产业的增加值占国内生产总值的比重达到15%的目标。目前,我国战略性新兴产业尚处于初级发展阶段,其研发活动具有投资周期长、风险高、外溢性等特点,企业自身进行研发活动的困难比较大。因此,战略性新兴产业的发展需要政府的扶持。我国出台的促进战略性新兴产业自主创新的政策主要包括政府补助和税收优惠政策两种。其中,加计扣除政策被认为是政府鼓励和支持企业进行自主创新最为重要的税收优惠政策。分析和评价加计扣除政策对战略性新兴产业研发活动的的激励效果是检验政策是否有效的重要环节,这对提高税收优惠政策的激励精准性及建设创新型国家具有重大现实意义。基于此,本文首先在梳理相关文献基础上,结合市场失灵理论、外部性理论和新经济增长理论等理论对加计扣除政策与研发投入、创新效率之间的关系及影响机理进行分析。然后,以沪深两市2014-2018年的A股战略性新兴产业上市公司为研究样本,运用倾向得分匹配、回归分析、随机前沿分析等方法,研究加计扣除政策在不同行业、不同产权性质、不同地域的企业中研发费用加计扣除政策对研发投入和创新效率的激励效应,研究结果表明:(1)加计扣除政策有助于企业研发投入强度的提升,但在新能源企业和高端装备制造业企业中,加计扣除政策的激励作用不明显,在国有企业中的作用不如在民营企业中显著,在西部地区企业中的作用也不如在非西部地区显著;(2)加计扣除政策对企业创新效率的提升有明显的促进作用,加计扣除对新一代信息技术企业和生物企业的创新效率有显著的促进作用,但是对其他行业的激励作用不显著。在民营企业和西部地区企业中,加计扣除政策对创新效率的提升作用不是很明显。最后,基于以上实证分析,本文提出加大加计扣除政策优惠力度、实施差异化的加计扣除政策和加强成果转化税收激励政策等对策建议。