民办高等教育是我国高等教育事业的一个重要组成部分。随着我国经济结构的调整与转变,高等教育改革也在不断的深化,对人才资源建设提出了更高的要求。民办高校在这种形势下得到了迅速发展,办学规模不断扩大,其管理体制也应适时做出调整以适应国家教育改革的整体要求。民办高校董事长领导下的校长负责制是对国家高等教育管理改革做出的有效尝试和探索,以期创新和完善民办高校的运行机制与管理体制,推动民办高等教育的发展。而构建民办高校新型管理体制的核心是机构设置的合理划分,权力职责的有效分配,以达到民主和科学管理的总体目标。扁平化管理是一种新型的组织管理方式,是当前高等教育管理体制改革创新的新课题。在民办高校实施扁平化管理,通过降低管理重心,减少管理层级,突出基层教学单位管理主体地位,赋予教学院(系)与人才培养、学科建设、科研创新、服务社会等职能所相应的一系列权力,以权、责、利三者相结合的方式,构建出民办高校富有柔性的高效的管理体制。本文以民办高校组织结构为研究对象,通过查阅相关文献资料,以组织结构理论,扁平化理论为研究基础,围绕目前民办高等院校管理体制存在的问题：如科层化特征明显,管理过于僵化；行政化倾向严重,基层学术权力微弱；集权化程度较高,民主化决策力度不够；部门间相对封闭,缺乏配合与协调等,并分析形成这些问题的主要原因。在此基础上,运用扁平化管理的理论和方法,结合实际情况,以S学院为例,探讨民办高校构建扁平化管理体制的思路,提出具体实施对策：合理确定管理层次,选择适当管理幅度；实现学术权力和行政权力均衡配置；调整与重构二级管理职权；多层次目标设定,实施目标管理责任制；建立信息管理平台,加强各部门之间的横向联系。最后对扁平化管理体系的运行保障提出相关建议,进一步探索民办高校的管理、发展新思路。