【摘 要】
:
细胞色素c(c-Cyt)是一类血红素(heme)辅因子以共价方式与蛋白多肽链连接的蛋白质,作为电子载体和氧化还原酶广泛地参与生物体能量的传递过程,如呼吸作用与光合作用。希瓦氏菌(Shewanella)是一类兼性厌氧的革兰氏阴性菌,具有异乎寻常的呼吸(电子受体还原)多样性,在生物能源和环境生物修复方面应用前景广阔。这主要归因于这类菌编码数量众多、功能各异的c-Cyts,例如该属中的研究模式,奥奈达希
论文部分内容阅读
细胞色素c(c-Cyt)是一类血红素(heme)辅因子以共价方式与蛋白多肽链连接的蛋白质,作为电子载体和氧化还原酶广泛地参与生物体能量的传递过程,如呼吸作用与光合作用。希瓦氏菌(Shewanella)是一类兼性厌氧的革兰氏阴性菌,具有异乎寻常的呼吸(电子受体还原)多样性,在生物能源和环境生物修复方面应用前景广阔。这主要归因于这类菌编码数量众多、功能各异的c-Cyts,例如该属中的研究模式,奥奈达希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)编码42种c-Cyts。目前对于S.oneidensis参与多种呼吸通路的c-Cyts的作用已经有了一定的了解,约占总数一半的c-Cyts的功能和生理影响已经或多或少得到研究。然而,截止目前,对于剩余一半的功能认知还处于空白的阶段,尤其对是那些存在于细胞周质且分子量较小也不具有催化活性的c-Cyts如何影响细胞生理更加一无所知。本论文对未知功能的周质小c-Cyts展开研究,包括针对性地解析具体c-Cyts参与的代谢通路和其发挥的功能,和探究这些c-Cyts组成的周质网络对S.oneidensis最具特征的呼吸基础—胞外电子转移(EET)的影响。通过对S.oneidensis编码的未知功能c-Cyts进行归纳分析,发现3个c-Cyts的编码基因在基因组上紧邻,其基因注释均为亚硫酸盐脱氢酶血红素亚基。亚硫酸盐是一种化学性质活泼的含硫无机化合物,可作为多种微生物呼吸的电子受体。S.oneidensis的亚硫酸盐还原能力及其相关电子传递和催化蛋白系统早已被确定,但目前仍不清楚该菌是否能够催化亚硫酸盐的氧化。本研究发现,S.oneidensis通过一种非典型的周质亚硫酸盐脱氢酶氧化亚硫酸盐,在氧气存在的情况下,亚硫酸盐的氧化优先于其还原。这种非典型的亚硫酸盐脱氢酶由一个高度保守的催化亚基与3个单血红素c-Cyt亚基组成。3个c-Cyt电子传递亚基将从亚硫酸氧化获得的电子通过细胞色素cbb3氧化酶(负责氧气呼吸的关键酶)最终传递给氧气,该过程对于亚硫酸盐的氧化必不可少。基因组学分析表明,这种类型的亚硫酸盐脱氢酶在细菌中十分少见,仅存在于Shewanella、弧菌(Vibrio)等5个属的细菌中。研究进一步揭示S.oneidensis的细胞色素bd氧化酶(负责氧气呼吸的辅助酶)对亚硫酸盐非常敏感,这一发现给细菌细胞色素bd氧化酶对抗环境胁迫的机制的理解增添了一个新维度。S.oneidensis自发现以来,就以其具有EET能力而闻名。然而,EET的低效已经成为该菌作为电活性生物催化剂在生物电化学系统应用(尤其是微生物燃料电池)的主要瓶颈。目前已经明确周质c-Cyt网络在调节EET效率方面发挥着关键作用,但一直以来对于该网络在如何影响电子转移活性方面的认知仍然比较模糊且片面。本研究系统地分析了周质c-Cyt网络组成组分单独过表达或者缺失对EET效率的影响,发现cct A的过表达会加快从Cym A(EET内膜电子传递中枢)和Mtr(EET外膜复合体)系统的电子转移速率。与之相反,nap B、fcc A和tsd B的过表达会严重损害EET,使得野生型(WT)的EET效率降低50%以上。基于上述研究结果我们构建了一系列fcc A、nap B和tsd B的单一或者多重突变株,并通过在这些菌株中过表达cct A,获得能够显著提升EET效率的周质c-Cyt网络最优化菌株。该菌株在MFC中的最大功率密度达到436.5 m W/m~2,约为WT最大功率密度的3.62倍。这些工作揭示了优化周质c-Cyt组成是提高EET效率的实用策略,说明深入了解参与EET的c-Cyts的生理和电化学特性十分必要。综上所述,本研究一是解析了S.oneidensis 3个未知功能c-Cyts的生理作用,阐明了它们组成的亚硫酸盐氧化途径和电子传递特征。二是确定了由小分子量c-Cyts组成的周质氧化还原网络是调节细菌EET效率的重要节点。这些成果一方面拓展了当前对具体c-Cyt功能与生理作用的理解,另一方面通过揭示同类型c-Cyts功能上存在的促进与竞争关系,为周质c-Cyts进行合理优化以增强EET效率提供参考。
其他文献
DNA作为真核生物遗传信息的载体,其精确复制是遗传信息在世代间准确传递的前提。DNA在复制过程中经常遭受各种内源性或者外源性的复制压力而导致复制叉停滞,及时准确地重启停滞的复制叉对保护复制叉的完整、维持基因组的稳定性以及保证遗传信息的准确传递至关重要。复制叉翻转是高等真核生物进化出的一套精密调控的应对复制压力的保护机制。新生DNA链同母链解离、反向迁移而形成的类似“Holliday junctio
在自然环境中,活性氧(reactive oxygen species,ROS)无处不在,可以通过细胞内和细胞外途径生成。ROS通过与多种生物大分子(包括DNA、蛋白质和脂质)发生反应,在多个层面影响细胞生理。过量ROS造成的氧化压力是所有需氧生物必须面对的主要生存挑战。细菌进化出了复杂多变的应对策略,包括:诱导表达ROS清除酶,如过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)和依赖于NADH的过氧
经典的NF-κB信号通路在各种免疫反应和炎症性疾病中起着重要作用,其在巨噬细胞和中性粒细胞所介导的先天免疫应答中的关键功能已为人所熟知。当细胞受到LPS、TNFα和IL-1β等刺激后,经典NF-κB通路中的关键性激酶IKKβ通过选择性识别并激活下游底物,包括p105、p65和IκBα,以促进p65和p50的核易位并诱导NF-κB通路靶向基因的转录,从而调控促炎性细胞因子的表达并导致组织炎症的发生。
汪世强教授是第五批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师,从事中医临床、教学、科研工作四十年,积累了丰富的临床经验,特别擅用经方。笔者有幸成为汪老师的学术继承成人,在随诊的过程中,受益颇多。
运动性对于细菌的生存和致病至关重要。鞭毛马达能以每秒300-2400转的速度带动鞭毛丝旋转进而推动细菌前进。鞭毛马达结构复杂,组成蛋白超过25种,能量转化效率接近100%,被誉为是自然界最高效、最精密的分子引擎之一。几十年来,鞭毛马达一直是微生物学、生物物理学和结构生物学研究的热点和难点,然而鞭毛马达的组成成分,结构组装和扭矩传输机制仍不清楚。本文中,我们首先对鼠伤寒沙门氏菌的鞭毛丝基因fliC和
黑腹果蝇唐氏综合征细胞黏附分子1(Dscam1)基因座通过互斥可变剪接编码38,016种潜在亚型。Dscam1的高度多样性足以赋予每个神经元独特的分子标签,使神经元能够区分自我和非我。而在脊椎动物中,成簇的原钙黏蛋白基因(cPcdh)通过可变启动子产生亚型多样性,进而发挥类似的功能。最近,本课题组在螯肢动物亚门中发现了缩短型Dscam(sDscam),其与黑腹果蝇Dscam1的序列高度相似,并且与
研究目的 生境片段化是物种受胁和生态互作丧失的主要原因之一。互惠的植物-传粉网络对生态系统功能的维持具有重要意义,对互惠双方的繁殖和存续都至关重要,而片段化程度的增加将破坏互惠双方资源的可用性,造成局域物种和互作的丧失。本研究以千岛湖片段化陆桥岛屿系统为平台,开展以下3个方面问题的研究:(1)生境片段化将导致物种丰富度和物种组成发生变化,形成复杂的时空格局。随着片段化斑块面积的减小,植物和传粉者的
转化生长因子-β(Transforming Growth Factor-β,TGF-β)是维持哺乳动物细胞正常活动至关重要的细胞因子。经典的TGF-β信号通路起始于胞外TGF-β配体与跨膜蛋白Ⅰ型受体(TGF-β type Ⅰ receptor,TβRI)和Ⅱ型受体(TGF-β typeⅡreceptor,TβRⅡ)结合,激活后的TβRⅠ会招募并磷酸化R-Smad蛋白(Receptor regul
精子发生过程为成熟精子的产生奠定基础,PIWI蛋白参与精子发生过程中的精原干细胞增殖、减数分裂以及精子形成的调控是值得关注的科学问题。十足目甲壳动物中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)作为产生无尾类精子的代表物种,学术界对其生精细胞发育过程调控的研究较少,PIWI蛋白是否及如何参与中华绒螯蟹精子发生的调控未知。本研究以中华绒螯蟹为研究对象,初步分析了PIWI蛋白在中华绒螯蟹精子发生中
竞争是局域尺度上导致树木生长下降进而死亡的最重要原因,然而竞争影响树木生长的机制目前仍不清楚。本文以江西省南部的高密度马尾松(Pinus massoniana)林为对象,通过野外调查、收获法取样和室内分析对竞争影响树木生长的生态学机制开展了以下三部分研究:(1)量化竞争对树木生长(长势:生物量、胸径生长速度)的影响;(2)分析树木构型、生物量分配、非结构性碳水化合物(NSC)、化学计量特性、水分利