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林木种质资源鉴定尤其是近源种的鉴定是种质资源研究中需首要解决的问题。壳斗科(Fagaceae)栎属(Quercus)植物是国内外研究杂交的热点植物,也是研究生态学物种概念的模式植物。两个近缘种槲树(Q.dentata Thunb.)和槲株(Q.aliena BI,),广泛分布于中国各省,具有重要的生态学意义和经济价值。本论文首先利用12对简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分别对6个同域分布的槲树和槲栎种群,共451个体进行分析。Structure的结果将451个个体分为两类并表明两个近缘种之间存在广泛且不对称的基因流。当以混合系数Q>0.9的个体被判定为纯种,Q<0.9的被判定为杂交个体的分类标准时,结果得到槲栎个体239个,槲树个体154个,杂交个体58个。槲树和槲栎种群遗传多样性水平在林木中处于较高水平,平均观测杂合度(Ho)分别为0.64和0.63,期望杂合度(HE)的平均值均为0.61。槲树和槲栎物种间的遗传分化系数(FST)为0.108,表明两个物种间的遗传分化处于中等水平。其次本论文对分子标记鉴定的367个个体的1835片叶片进行了几何形态学分析。基于叶片层次的主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)结果表明槲树和槲栋的叶片形态差异显著,杂交个体分散于整个散点图。基于个体层次的判别分析(Discriminant Analysis,DA)表明95.90%的槲栎和96.88%的槲树可以准确的区分。同时基于个体层次的典型变量分析(Canonical Variate Analysis,CVA),结果表明杂交个体的叶片形态,鉴于槲树和槲栎之间,更接近槲栎个体的叶片形态。基于个体层次的2B-PLS分析(Two Blocks Partial Least Squares)将对称结构和非对称结构分别与叶片大小进行分析,表明对称结构与叶片大小显著相关,而非对称结构与叶片大小相关性不显著。另外通过线性回归分析对叶片的形态(对称结构、非对称结构)和大小与环境因子的相关性分析,表明叶片的形态和大小受环境影响极显著。综合分子标记方法与形态学标记方法的结果,二者都可以很好的区分槲树和槲栎两个近缘种。本研究发现同域分布的槲树和槲栎种群,在每个种群内都存在基因流,且每个种群内都存在槲树和槲栎的杂交个体。通过分子标记方法鉴定出的杂交个体,多数位于槲树和槲栎两个叶片形态之间,部分杂交个体从形态上无法区分。