同盟会的内部矛盾从1907年3月开始有所记载，并逐渐公开化，从旗帜风波、经费问题与村田式枪炮事件到共进会的成立、光复会的复会，直至1911年夏天同盟会中部总会的成立为止，同盟会已经基本上处于解体状态。分析造成同盟会内部矛盾的因素，虽然有广大同盟会同志的主观原因，但也有一些他们很难克服掉的历史客观因素的制约。比如，侵入同盟会整个组织机体的家长制思想、无政府主义思想、封建崇拜思想、封建等级思想和封建地域观念就不是同盟会革命同志们能很快克服掉的。同盟会的内部矛盾处于20世纪初期我国思想文化从传统向近代转型的时期，同盟会广大革命同志兼具中西文化的双层浸染，他们生来就浸泡在中国传统文化的窖缸里，但他们来到日本之后，迅速的进入西方近代文化的氛围里。中西两种不同的文化在同一个体、同一革命团体内部发生激烈的碰撞与斗争，这两种不同的文化思想发生碰撞的迅速性与猛烈性，使其二者还未进行有机调和与融汇贯通，相关同志也未能系统的加以甄别与扬弃，造成相关同志和同盟会内部的言行具有前后矛盾、自相矛盾的特征，以至于同盟会内部矛盾具有极大的复杂性与尖锐性。