中共中央关于制定《国民经济和社会发展社会发展第十三个五年规划的建议》中指出,“创新”是引领发展的第一动力,必须摆在国家发展全局的核心位置,深入实施创新驱动发展战略。到2020年,力争在基础研究、应用研究和战略前言领域取得重大突破,全社会研发经费投入强度达到2.5%,迈进创新型国家行列。从2005~2015年,我国研究开发(R&D)经费内部支出的年均增长率超过了20%,远高于同期的GDP增长速度。由此可见,在过去的十多年中,中国整体的R&D活动投入经历了一个“井喷式”的发展时期。从政府R&D投入的角度来看,2013年中国政府R&D投入为2500亿元,较2005年增长了2.87倍,突显了政府对R&D活动的重视程度日渐加大。然而,从当前现状来看,一方面中国以高水平的“诺贝尔”奖为代表的科技成果产出与大国地位不相称;另一方面产能过剩严重,产品在国际上的“山寨”印象突出。李克强总理说,在产能严重过剩的今天,我们却还生产不了圆珠笔头上的“圆珠”。持续性的研发高投入,并没有带来同等的高回报,我国要建设成为质量强国、制造强国、知识产权强国,迈入创新型国家的行列依然任重道远。由于决定一国R&D模式和主体结构的关键因素之一是政府的引导和资助,因此,本文通过政府支持的视角,将政府的资助对象分为对地区规模以上企业、高等院校以及科研机构三个层面,以此分析其背后所对应的基础型研究、应用型研究以及实验开发投入的结构性问题。本文首先通过区域投入、产出的角度,根据时间、行业、所有制结构、区域等不同维度对我国区域研发能力的现状进行了整体评估。随后运用2005~2013年我国31个省、自治区和直辖市的相关数据,对区域研发效率进行测度;最后基于动态面板数据模型的方法,比较政府研发资助在企业、高校及研发机构三个层面的边际效率。相关统计数据表明,目前我国政府R&D经费资助主要投向科研机构,比例达65%左右,高等院校占20%左右,而企业仅获得12.7%。这反应出政府在基础研究和应用研究领域的R&D投入偏少,占比不到实验开发投入的三分之一,而重点投入于试验开发的领域。与发达国家相比,中国的R&D投入结构明显呈现出轻基础研究、重试验发展的倾向。长期忽视基础研究和核心技术的创新投入,很可能是区域研发效率呈现低效的原因,这也将使得中国的产业缺乏足够的竞争优势,可能给未来中国经济的发展质量带来潜在隐患。