免疫水平不仅和自身抗病力相关,也会对母猪的繁殖性能产生影响。受非洲猪瘟入侵、猪场管理不规范以及种猪来源杂乱等问题影响,地方猪养殖场普遍存在系谱缺失或错误等问题,这将增加近交的风险。本研究旨在初步研究不同胎次对猪免疫水平的影响,鉴定不同个体间的亲缘关系,为安徽地方猪资源的保护和利用提供参考。本研究选取安徽地方品种皖南花猪和黟县黑猪作为研究对象,利用50K基因芯片数据对皖南花猪进行亲缘关系鉴定和全基因组连续纯合片段（Runs of Ho-mozygosity,ROH）检测,计算皖南花猪状态同源（Identity By State,IBS）距离矩阵、亲缘关系矩阵及近交系数FROH,并进行主成分分析,对皖南花猪高频ROH区域覆盖的基因进行GO功能注释和KEGG通路分析。同时对皖南花猪血清中白介素-10（IL-10）、干扰素-γ（IFN-γ）、免疫球蛋白G（IgG）等免疫指标进行检测。此外,本研究还利用14个国际通用的微卫星引物对安徽黟县黑猪进行亲权鉴定和遗传多样性分析。结果表明:1.皖南花猪血清IL-10、IFN-γ和IgG含量在初产后均下降,当胎次大于等于1时,IFN-γ、IgG和IL-10含量随胎次增加总体呈上升趋势,但IFN-γ、IgG含量在第二胎时高于第三胎次,三种免疫分子在不同胎次和不同近交程度间均无显著性差异（P＞0.05）。2.146只皖南花猪群体根据公猪被分为8个家系,共鉴定出33对亲子关系。3.皖南花猪母猪群体平均ROH长度为13.46 MB,平均近交系数FROH为0.19。高频ROH区域的基因主要富集于炎症和免疫反应、细胞因子调节等信号通路中。4.本研究所选择的14个微卫星位点观测杂合度为0.309～1,期望杂合度为0.685～0.928,多态信息含量为0.648～0.914,平均等位基因数为12个,说明各位点具有多态性。14个微卫星位点亲子关系累积排除率达到99.99%,说明选择的14个微卫星标记能够对黟县黑猪的亲缘关系进行鉴定。综上,本研究初步探讨了皖南花猪三种免疫分子在不同胎次间的分布规律,分析了皖南花猪ROH分布与近交程度,并对黟县黑猪的亲缘关系进行了初步鉴定。研究结果对皖南花猪的健康养殖和资源利用具有一定的借鉴意义。其次,本研究所用的SNP标记技术和建立的微卫星标记体系对建立完整准确的系谱资料、科学制定配种选育计划和预防近交具有实际意义。