蜱是一种重要的人畜共患寄生虫,除叮咬吸血外,还携带病毒、细菌、立克次体、原虫等病原体,传播多种疾病。蜱传病毒种类丰富,组成复杂,且在蜱中普遍存在。随着经济发展与人类活动的增强,蜱媒病毒日益威胁人类与家畜健康。准确、快速、便捷的检测病毒对有效防控蜱传病毒病具有重要意义。随着高通量测序技术的飞速发展,许多研究利用宏基因组学来检测蜱传病原体。基于DNA测序的宏基因组学不能检测无DNA阶段的RNA病毒,为此基于转录组测序的方法被用于检测蜱传病毒。然而方法得到大量冗余宿主序列。与转录组测序分析相比,小RNA高通量测序检测病原的方法更灵敏。目前已成功用于检测蜱传立克次体与非洲猪瘟(ASFV)的DNA片段。该方法在检测RNA病毒方面更有优势,为此本研究在构建无脊椎动物传播病毒的本地数据库基础上,探索用小RNA高通量测序的方法检测蜱传病毒,并对部分检测结果进行了PCR验证。具体包括以下内容:1)通过整合NCBI病毒数据,建立了无脊椎动物传播的病毒本地数据库,为下一步提高小RNA高通量测序检测蜱传病毒的高效性与准确性奠定了基础。2)对云南采集的龟形花蜱,新疆采集的草原革蜱和银盾革蜱分别进行小RNA高通量测序。对测序产生的高通量原始数据进行处理与病毒检测。发现云南的龟形花蜱存在莫纳蜱病毒Mogiana tick virus和隐形病毒Stealth virus(AF191073)的小RNA片段。从新疆采集的革蜱中检测到以下病毒的小RNA片段:隐形病毒、蓝舌病病毒、非洲猪瘟病毒、科罗拉多蜱传热病毒、鹿流行性出血热病毒、非洲马瘟病毒、马脑炎病病毒、裂谷热病毒、水泡性口炎病毒、德黑兰病毒、Uukuniemi virus。3)通过PCR扩增并结合Sanger测序的方法验证了莫纳蜱病毒,证明小RNA高通量测序检测蜱传病毒方法的可行性。然后,结合Sanger测序与小RNA测序结果,获得莫纳蜱病毒的全长基因组数据,并将5′端和3′端非翻译区精准注释到1 bp。该结果在国际上首次证明了结合5′端和3′端小RNA的注释方法可以获得RNA病毒全长(full-length)的基因组完成图。4)采用PCR扩增与小RNA序列的深入挖掘与分析,确认Genbank上报道的隐形病毒(AF191073)鉴定错误,应为细菌Ochrobactrum quorumnocens的23S rDNA的部分序列。云南龟形花蜱、新疆草原革蜱与银盾革蜱若蜱均携带Ochrobactrum quorumnocens。同时也证明小RNA高通量测序除可检测病毒外,还可以检测到细菌的核糖体RNA。以上研究表明基于小RNA高通量测序的方法可用于蜱传病毒的检测,而且可以检测到多种病毒。此外,细菌等其他微生物也可以通过本方法检测。然而受测序深度的限制,是否能检测到全部病毒,或何种测序深度才能检测全面还需深入研究。