强调自然选择在生物进化中几乎万能的创造性作用是达尔文主义群体遗传进化范式的最大特点。在偶然性基因突变或重组的前提下，仅靠自然选择这唯一的推动力，无法解释生物进化过程中巨大复杂性递增以及物种无限多样性的这样一个事实，在概率论意义上也是不可能的。 在同一性质的复杂系统和简单系统之间存在着熵值差——熵势。正是由于有了熵势这种能量状态差，才有了自组织的存在。自组织进化范式强调任何系统都有它的内在目的性。生物系统内在目的性就是不断吸取负熵以抵抗熵增的熵最小和负熵的最大，这也是生物进化的方向。所以，复杂性理论认为，生物进化是自然选择和自组织相结合的产物。自组织是生物进化的内在动力，自然选择是生物进化的外在动力。自组织是通过基因积木的有效组合形成内部模型和生物共同进化来实现的。生物对环境的适应，是自然选择的结果之一。