在目前国内城乡一体化进程加速、公共交通发展要求强烈的背景下，有关公共交通系统发展的一系列问题突现，尤其是公共交通系统制度发展问题。文章尝试从理论研究和深度案例剖析两个角度解析这一问题，以达到搭建制度研究基本框架和解析典型城市发展规律两个目的。研究框架部分，根据制度的概念和公交系统自身属性，将公交系统制度定义为产业组织体系和公共政策体系的结合；并运用产业组织学的SCP范式理论，建立制度研究中，结构-行为-绩效三者之间的互动关系的分析体系；最终搭建组织结构、公共政策、行为绩效三者结合的研究模式。典型案例研究部分，根据城乡一体化发展的要求和制度发展路径依赖要素分析的要求，从上海市和嘉定区两个层面入手，从制度变迁的角度，按照既有的三元的研究模式，解析其中各个时期公共交通制度发展和系统演化的规律，解析其中路径依赖的核心要素，解析其影响一体化进程的主要障碍。研究中得出，不同的行为绩效评价标准和发展目标的定位是系统组织结构调整的主要诱因；票价和补贴为代表的一系列的公共政策措施，是发展中的重要的调节杠杆；多数线路经营权长期附着于固定运营商是制度发展中最强的路径依赖要素。进而得出，完善系统绩效评价标准、票价和补贴机制的当前系统制度建设的重要环节；公交系统的规划中必须以一定的制度背景研究为基础，在现有或未来可能的制度框架下，进行具体的网络结构的调整和规划。