随着高等教育改革向纵深方向发展,国家对高等教育更加重视,高等教育的投入不断增长,而在高等教育投入中专项经费增长迅速,如何提高专项资金的使用效益是当前值得探究的问题。因此,高等学校专项经费绩效评价问题已成为许多专家学者聚焦的热点,如何建立一套科学合理、可操作的高校专项经费绩效评价体系更是成为学者关注的重中之重的难点问题。在此背景下,高校专项经费绩效评价体系的构建为高校专项经费使用效益评价问题的研究和实践提供了新的可能。本研究在国内外相关学者研究的基础上,采用文献分析、调查研究、比较分析、综合评价等方法,根据绩效评价的经济性、效率性、效益性、公平性原则,结合高校专项经费绩效评价的目标和特点,将高校专项经费作为一个整体来看待,着眼于项目申报时的预期目标,通过战略管理系统工具——平衡计分卡(BSC)的引入,建立了一套适合高校专项经费绩效评价的指标体系,并运用层次分析法来确定指标体系的权重,从而减少主观因素的影响,使得平衡计分卡的测评更加客观、科学。将建立的高校专项经费绩效评价指标体系用MATLAB软件进行计算,确定各项权重,得出总排序。并以A高校“211工程”三期建设的11个重点项目的专项经费为切入点进行实证分析,以检验评价方法的实用性,得到了较为理想的验证结果,并根据评价结果提出了相应的改进措施和建议。本研究提出了适合我国高等学校实际的专项经费绩效评价体系,希望能够为我国高等学校的专项经费评价和学校事业的健康、可持续发展提供理论依据和决策参考,使我国高等教育走上内涵式发展道路。