数据包络分析(DEA)是一种评价具有多指标输入输出的决策单元相对有效性的非参数方法，也是系统评估和决策分析的重要工具。本文主要在DEA模型的改造和应用方面做了一些探索。　　 本文在系统回顾DEA方法的发展历程和理论模型的基础上，分析了DEA传统模型存在的诸多缺陷，如不能同时处理锥性指标和非锥性指标、难以对含有子系统的复杂系统进行评估等，接着介绍了MDEA模型，该模型同时含有锥性变量和非锥性变量。为进一步满足应用需求，笔者对MDEA模型进行了修正，使得其各锥性投入变量可以按实际情况自由调整，并且效率指数也考虑了锥性投入的松弛变量，修正后的模型可以更好地进行决策单元优化。此外，针对具有独立子系统的复杂系统的效率评估，本文构造了CDEA模型，同时给出了相关的有效性定义和理论，该模型不仅遗传了MDEA模型处理“混合”变量的优势，而且也打开了决策单元的“暗箱”，即考虑了内部子系统对整体效率的影响，克服了传统单系统模型的不足。最后，将所建模型应用于我国医药制造企业经营效率评估，验证了模型的科学性和实用性，为它们在其它行业效率评估中的应用提供了范例，同时通过对评价结果的分析，为上市公司的管理决策提供了参考依据。