三峡工程是开发和治理长江的关键骨干工程，具有防洪、发电、航运、供水、等巨大的综合效益。然而，大坝蓄水后，长江形成内陆河流型水库，库区水体与原来长江自然河流型水体相比，在流速、水体滞留时间、氮磷营养含量、水温、透明度、光照等长江水文情势方面都存在较大差异，自净能力降低，对库区、长江中下游及河口地区的生态、环境将产生不同程度的影响。环境特征值的变化必然会导致河流水体及水体中生物群落发生改变。因此，构建一种浮游植物健康评价体系，对库区重要支流进行健康评价，将对长江库区水资源开发利用和河流水生态系统管理保护具有重要的指导意义。　　为研究三峡成库后对支流的影响，本文以三峡库区36条重要支流为调查对象，调查了在库区周期性蓄水的条件下，各支流浮游藻类群落的变化，并从30个浮游藻类群落参数中筛选出重要8个核心参数（包括蓝藻总密度，绿藻总密度，硅藻总密度，香农-威纳多样性指数， Margalef多样性指数，Pielou均匀度指数，物种数，属数目等），构建三峡库区支流的健康评价体系，最后依据健康评价体系对三峡库区重要支流进行评价。研究结果表明：　　1）采样的三个时期（丰水期，枯水期，平水期），浮游藻类总生物量分别为390.1×107个/L、235.1×106个/L和458.1×107个/L。其中在丰水期与枯水期，硅藻占绝对优势，分别为总生物量的89.88％和44.38%。在丰水期，隐藻位居第二，占8.78%。蓝藻占1%；在枯水期，绿藻生物量排第二，占25.1%，蓝藻第三占11.61%，甲藻仅次于蓝藻，占10.73%。而平水期蓝藻最多，为总生物量的73.58%，其次是绿藻与硅藻，分别为12.50%和11.78%。在平水期，各样点在三个不同时期（丰水期，枯水期，平水期）的平均细胞数分别为：208.6×105，127.8×104，265.6×105个/L。　　2)在不同时期，水体优势藻种也有着较大的差异。丰水期的前三种优势属分别是：硅藻门的菱形藻属（Nitzschia，64.08%）和小环藻属（Cyclotella，23.36%），以及蓝藻门的聚球藻属（Synechococcus，8.58%）；枯水期的前三种优势属为硅藻门的针杆藻属（Synedra，12.82%），绿藻门的小球藻属（Chlorella，7.09%），硅藻门的菱形藻属（Nitzschia，8.55%）；平水期的前三种优势属为蓝藻门的腔球藻属（Coelosphaerium，36.79%），平裂藻属（Merismopedia，13.46%）和微囊藻属（Microcystis，5.20%）。　　3)通过生物完整性评价的方法，对三个不同时期的库区河流及样点进行健康评价。评价结果显示：三峡库区的36条重要支流在平水期水生态系统最好，丰水期次之，枯水期最差。　　4）36条支流，189个样点的完整性评价表明：平水期10个样点健康，66个样点亚健康，97个样点一般或差；枯水期11个样点健康，26个样点亚健康，111个样点一般或差；丰水期9个样点健康，69个样点亚健康，110个样点一般或差。