当前农民工的权益保障问题受到越来越多的关注，而农民工的养老保险问题则是焦点中的焦点。从农民工参加养老保险的现状来看，不仅享受的待遇水平比同等就业的城镇职工较低，甚至还有相当一部分农民工处于保障缺失状态，严重损害了农民工的权益，因此在制度的设计理念上应对农民工这一弱势群体有所倾斜。从制度保障角度研究对维护农民工权益具有重要而深远的意义。2011年7月社会保险法的实施对制度保障权益提供了法律依据和支持。2011年7月上海正式出台“三保并轨”的通知。“三保”并轨是上海社会保险政策改革必然趋势。该政策的实施在推动“农民社会”向“市民社会”的转型，更高层次的保障农民工权益，缓解养老保险基金的收支压力等方面作用突出。同时考虑上海社会保险“三保”并轨后可能存在的问题及解决方案，用系统动力学方法定量分析上海社会保险“三保”并轨政策实施效用情况，以求更好的完善并轨政策。本文重点有两部分。第一，基于实地调研数据，用系统动力学SD模型模拟分析了“三保并轨”中的“综保”并入“城保”未来2011-2035年基金收支运行，模拟了政策综合作用的效果。对养老保险缴费量、缴费人数、保险发放三个部分进行敏感性分析及仿真模拟，通过改变模型中的变化率，如：社会增长率、发放率、上缴率等，更加灵活的模拟养老金上缴、发放和积累情况。为农民工纳入上海城镇职工养老保险后的基金运营状况以及政策的改进提供很好的参考。第二，提出建立上海城镇居民养老保险制度，纳入主体为无力承担城镇职工养老保险缴费的农民工和城镇无业居民。在上海十二五规划中将逐步建立城镇居民养老保险制度的大背景下进行了财政负担能力的测算，借鉴全国和各地存在的城镇居民养老保险制度先例的经验提出了构建思路和具体方案，制度设计考虑纳入更多制度忽略人群，并坚持“广覆盖、保基本、有弹性、可衔接”的原则。该制度的实施将显著提高上海城镇居民的养老待遇水平，对推进和谐社会的构建和进一步完善上海市农民工养老保险制度提供可借鉴的思路。对于完善农民工养老保险制度和维护农民工群体的权益，乃至解决农民工问题都具有一定的理论意义和实践意义。文章最后提出制度保障农民工养老权益的配套措施建设，考虑财政投入，弹性企业缴费，转移接续等方面的相关措施保障。