随着经济发展进入新常态,我国通过各种政策有效降低企业的登记门槛,中小型企业数量在我国与日俱增。当前拥有六千多家挂牌企业的新三板已成为我国资本市场的重要组成部分,为众多挂牌企业提供融资场所。科技创新是企业发展的不竭动力,尤其对高新技术企业来讲,其创新能力的高低关乎企业能否在市场中占有一席之地,是促进产业竞争的有利推手,但同时也为企业带来各种潜在风险。而新三板挂牌企业多为以“高成长、高科技、创新型”的高新技术企业,新三板市场在市场准入方面、监管方面以及信息披露等方面的制度较为宽松,多数新三板挂牌企业的商业模式不固定,面临较高的经营风险,在一定程度使得新三板高新技术企业面临较高的审计风险。本文在研究的过程中,首先介绍了舞弊三角理论、现代风险导向审计理论和信息不对称理论,并对相关文献进行梳理,形成文献综述,为后文的案例分析构建理论框架;其次在了解当前我国新三板市场和新三板高新技术企业的发展现状后,分析出我国新三板高新技术企业普遍面临的主要审计风险;然后从蓝山科技财务舞弊案例入手,分析蓝山科技财务舞弊的动因和手段,在此基础上,以风险导向审计模型“审计风险=重大错报风险×检查风险”为切入点,深入识别出蓝山科技在财务舞弊下面临的重大错报风险以及注册会计师在审计过程中面临的检查风险。通过对新三板高新技术企业审计风险的研究发现:（1）新三板高新技术企业具有外部监管弱、股权较为集中、关联方交易风险、研发费用会计核算风险和再融资压力大等导致的风险等。（2）具体到蓝山科技,其在财务报表层次主要存在内部治理混乱、融资能力受限导致以及行业竞争优势不足等方面的风险;认定层次重大错报风险主要是由于存在关联方交易导致的风险、研发费用风险和毛利率与存货联动异常的风险。而中兴财光华会计事务所由于在审计过程中实质性程序存在缺陷、审计人员未保持应有的职业怀疑、会计师事务所质量控制存在缺陷等导致其面临较高的检查风险,在重大错报风险和检查风险均存在较高的情况下,注册会计师整体面临的审计风险较高。基于以上分析,本文有针对性的从注册会计师、会计师事务所和外部监管三方面提出应对新三板高新技术企业审计风险的措施。本文研究有助于注册会计师在今后对新三板高新技术企业的审计业务中能够合理识别和评估其存在的审计风险,从而能够在一定程度上减少审计失败的发生,更好地维护新三板市场的有序发展。