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野山楂是新疆天山野果林的重要种质资源之一,新疆部分山区分布有大量的野山楂资源,大西沟分布的野山楂主要是准噶尔山楂。近年来,野山楂种质遭到严重破坏,但其保护应用却较落后,尤其关于其遗传多样性的研究更是鲜见报道。本研究从形态学和分子生物学的角度出发,以92份霍城县大西沟自然分布的准噶尔山楂为试材,利用SSR标记和ISSR分子标记及观测31个表型性状,对准噶尔山楂的遗传多样性和遗传结构进行分析,并利用UPGMA法进行聚类分析,以揭示准噶尔山楂群体的遗传变异与其生境特征和分布格局之间的关系,旨在为新疆准噶尔山楂种质资源的合理保护、有效利用、遗传改良及育种提供理论基础和科学依据,主要研究结果如下:（1）表型性状上,5个准噶尔山楂群体的31个表型特征的群体间F值在0.26615.128之间,多数表型特征值的群体间差异显著或极显著;变异系数在3.4647.75%之间,平均表型分化系数为13.41%,群体间变异占13.57%,表明群体内变异是其主要的变异来源。5个不同群体的Shannon-Wiener指数和Simpson多样性指数为3.342 2和0.811 9,表现出丰富的遗传多样性。由主成分分析可知,11个主成分累计贡献率为77.331%,其中叶片和果实的贡献率整体偏高。相关分析和检验表明:枝条、叶片和单果之间相关性显著。利用居群间欧氏距离进行系统聚类分析,可以将准噶尔山楂群体聚为两大类,地理距离较近的群体首先聚为一类,显示出一定的地域性。（2）12条ISSR引物通过PCR扩增共检测到303个位点,引物多样性信息指数（PIC）和多态性位点比率分别为0.95和98.35%,Nei?s多样性指数和Shannon多样性指数分别是0.326 8和0.4939,群体内基因多样度（Hs）为0.277 9,总群体基因多样度（Ht）为0.323 5,准噶尔山楂在总体上有较高的遗传多样性;群体间基因分化系数:Gst=0.140 8,基因流:Nm=3.051 1,遗传分化在群体间较小。个体间聚类结果显示遗传相似系数在0.53到0.87之间,92份准噶尔山楂亲缘关系较近。（3）利用PCR扩增技术筛选不同来源的221对SSR引物,其中42对重复性好、多态性丰富,当中的25对来自已公布的130对蔷薇科SSR引物,另外17对来自苹果亚科的梨属和苹果属的EST序列,并据此所设计的91对SSR引物。结果证明SSR引物在不同属及其近缘种间有一定的通用性。（4）42对SSR引物通过PCR扩增共检测到739个位点,引物多样性信息指数（PIC）和多态性位点比率分别为0.91和90.60%,Nei?s多样性指数和Shannon多样性指数分别是0.233 5和0.3654,群体内基因多样度（Hs）为0.198 2,总群体基因多样度（Ht）为0.229 7,群体间基因分化系数(Gst)为0.137 2,基因流（Nm）为3.146 4,准噶尔山楂总的遗传多样性丰富,遗传分化在群体间较小。UPGMA聚类结果显示:92个样本间的遗传相似系数在0.460.95之间,此外5个群体形成两个亚类,聚类结果显示出明显的地域性,不同群体所处的生境的不同是引起群体间差异的主要原因。（5）综合表型观测、SSR和ISSR分子标记研究发现:准噶尔山楂遗传多样性丰富,遗传变异主要存在于群体内,遗传距离和地理距离间具有一定的相关性,分布范围内地理环境因素对其生长影响较大;两种分子标记研究结果虽存在一些差异,但整体趋势一致,在以后的种质资源遗传多样性研究中不应局限于地理差异和环境差异,而以分子水平的遗传差异研究为主。