本研究是国家“十五”重大科技专项“镇江水环境质量改善与生态修复技术研究及示范”中的子题“生物在污染控制中的作用”的重要组成部分，对镇江内江水体中微生物功能种群进行生态调查，分析其与环境因子的相关性，并进一步将分离纯化的菌株应用于典型有机污染物的降解研究，以期为生态修复工程实施和管理提供基础数据和理论依据。结果表明：1．通过对镇江内江水体中微生物数量及分布的分析，镇江内江水体中主要微生物功能菌群的数量从内江（4#、5#采样点），北固山湿地（3#、6#采样点）到岸边（1#、2#采样点）随污染程度的增加有增加的趋势。水体中微生物的数量与相应营养盐的含量有一定相关性，异养菌与BOD₅相关性较高（r=0.952），一定程度上反映了水体的污染程度，起到了指示作用；有机磷细菌、无机磷细菌与TP的相关性r分别为0.893、0.865；氨化菌与TN、NH₃-N的相关性r分别为0.921、0.899；硝化菌与NH₃-N的相关性r为0.861。2．试验对2006年1月在1#采样点采集水样培养的有机磷分解菌JD1进行菌体形态、菌落特征观察和生理生化学的研究，为细菌种属的初步鉴定提供依据。通过提取DNA，PCR扩增和测序，并在此基础上进行16S rDNA序列的相似性比较及系统发育研究，结果表明有机磷分解菌JD1与Acinetobacter iunii（琼氏不动杆菌）有较高的同源性，且能与假单胞菌属的一些菌共同构成降解乐果的发育分支。对有机磷分解菌JD1的最适生长条件研究，结果表明：菌株pH耐受极限分别为5.0～5.5和9.0～9.5；其最适pH范围为7.0～7.5；最适装量范围为25～30ml菌株生长量最高时的温度为32℃左右，最适生长温度为：30～35℃。3．琼氏不动杆菌JD1对农药乐果的抗受力较强，在高达500mg／L乐果浓度的培养基中，菌体生长基本不受到抑制。最适生长温度为32℃；最适pH值为7.2左右；装液量为1／5（即150ml的三角瓶装30ml菌液）最佳；采用7％的接种量为最佳。不同初始浓度乐果影响菌株的降解率，所以废水处理应用中（对于高浓度农药废水）应考虑水样的预处理。