进入21世纪,我国经济得到快速的发展,在这其中,中小企业发挥着至关重要的作用。据统计,中小企业创造了我国经济总量的一半以上,可以说中小企业促进我国经济发展方面极具战略意义。但是,中小企业受资本市场、资本结构的影响较为突出,导致企业投资的非效率。投资效率一直是经济学研究的重要课题,中小企业通过对自身投资效率的研究,从而更加准确的认识到自身存在的问题,提高其投资效率。本文首先对中小企业投资的特征、投资效率的界定、投资效率的影响因素进行分析,得出小企业的投资主要是对内投资,投资期限较短,投资面临的风险较大,而影响中小企业投资效率的因素包括资本市场、资本结构以及现金持有量,本文选取26家中小企业板融资方式所占的比例进行对比分析,得出债务融资比例占据融资总额的一半以上,财务杠杆较高,企业面临的财务风险加大,从而使中小企业的投资表现出非效率;其次构建中小企业投资效率评价指标体系,本文选取了非参数评价方法即采用数据包络分析法(DEA),在考虑企业投资效率影响因素的前提下,选取用产权比率、税率以及技术创新投入率作为输入指标,采用固定资产增长率、长期投资增长率以及无形资产增长率作为输出指标,按照东部、中部以及西部中小企业的比例从中小企业板上分别选取35家、10家以及7家企业把上述指标带入DEA模型中的最基本模型CCR模型进行分析,得出大多数中小企业投资效率值较低,即企业投资表现出非效率;针对中小企业投资非效率问题,本文提出,应优化企业资本结构以提高中小企业的投资效率,应降低企业税收以提高企业投资效率,应提高技术创新投入率以提高中小企业的投资效率。