本文用PCR-直接测序的方法，以mtDNA控制区基因为遗传标记，研究它们的分子生态。主要目的是：比较大石鸡和石鸡种群内和种群间的遗传变异：揭示环境因子对两种石鸡种群遗传多样性的影响；重建两种石鸡的系统地理结构，阐明更新世冷暖气候交替发生对它们系统进化的作用；了解两种石鸡杂交类型，阐明它们杂交的形成机制和后果；从遗传学角度探讨两种石鸡的保护问题。本文共分析了石鸡7个亚种(华北亚种、贺兰山亚种、南疆亚种、新疆亚种、准噶尔亚种、塔吉克斯坦亚种和西奈亚种)99个样本和大石鸡2个亚种(指名亚种和兰州亚种)124个样本。 石鸡的遗传多样性与纬度和海拔负相关，与经度、温度和降水量正相关。大石鸡有24个样本的mtDNA控制区基因呈石鸡的基因模式，而在石鸡的样本中没有发现大石鸡的基因型，确定大石鸡和石鸡间的杂交是渐渗杂交。这种渐渗杂交主要是由性选择引起的。 　　大石鸡2个亚种间无共享单倍型，遗传分化显著，其系统地理结构属于“系统发生不连续，具有空间隔离”的地理格局；在系统树上它们各占一支，是2个单系群，属于不同的进化显著单元。大石鸡兰州亚种起源于兰州盆地，其8个种群共享1种单倍型M2，来自共同的祖先。