HCV感染是一个世界性的健康问题，其发病率逐年增高，且致病性强，易转为慢性，导致肝脏慢性炎症坏死和纤维化，并可发展为肝硬化和肝细胞癌(Hepatocellular Carcinoma，HCC)。HCC是严重影响人类健康的恶性肿瘤之一，居人类常见的恶性肿瘤第5位，其恶性程度高，5年存活率小于3%。目前HCC的发病率还在持续升高，据统计分析发现，2005年HCC的发病人数是1975年的3倍，从1.6/十万上升至4.9/十万。全世界每年大约有50万人死于HCC。HCV主要由血液系统传播，据估计全球的HCV感染率约为3.0%，即大约有1.7亿人被感染，每年新发病例约3.5万例。在美国，HCV感染是最常见的慢性血液系统传播性疾病，每年大约有1万人直接死于此感染，而且死亡人数在未来20年还将大幅增加。在我国，HCV的感染率约在2.5%～4.9%之间，有超过5000万人感染HCV。HCV感染者初期大多数无明显症状，大约有70%～80%的HCV急性感染会转为慢性感染，其中约有10%～20%的慢性感染者会转变成肝硬化，最终约有5%的慢性感染者进展为HCC。目前有关HCV具体的致病机制和病理发生过程的研究还十分有限，同时也缺乏针对HCV的保护性疫苗和有效的治疗方案。当前临床上常规用于治疗HCV的措施是联合使用聚乙二醇α干扰素(Pegylated α Interferon，Peg‐αINF)和利巴韦林(Ribavirin，RBV)，但是患者持续病毒应答率(Sustained Virological Response，SVR)也只有约50%～70%，而且此联合疗法副作用很大，费用昂贵，耗时也比较长。由于缺乏高效、稳定的HCV体外细胞培养体系和合适的小动物模型，致使研制HCV特异性药物的和开发针对性保护疫苗的工作进展缓慢。1991年国际病毒分类委员会(Interna‐tionalcommitteeon taxonomy of viruses，lCTV)将HCV归类于黄病毒科(Flaviviridae)，肝炎病毒属(Hepacivirus)。HCV为有包膜的单股正链RNA病毒，其基因组全长约为9.6kb，包含一个大的开放阅读框(Opening Reading Framework，ORF)，及其两侧的5’端和3’端非编码区(Non‐Translated Region，UTR)。目前HCV基因型命名主要采用Simmonds系统的标准。Simmonds系统是2005年建立的针对HCV全基因组以及部分区段核苷酸序列进行分析，并结合系统进化树分析将HCV分为6个主要的基因型，每个基因型又可以分为若干亚型。HCV6型是HCV所有基因型中亚型最多、最复杂，遗传学上多样性最为突出的一个基因型。HCV6型现有6a～6w共23个亚型，主要在东南亚及其周边地区呈地方流行。Simmonds标准要求至少测定一条HCV全基因组序列，进行核苷酸相似性分析和系统进化分析后，确定不属于已知的任一亚型，即可确定为一个新的亚型。但是有一些特殊的变异株，它们之间的核苷酸差异率以及遗传距离并不在典型的亚型间或者亚型内的范围内，而是大于同一亚型内之间的距离，而小于不同亚型之间的距离。这些变异株的存在，使得HCV的分类和命名愈加复杂。在全基因组水平研究和分析这些变异株，将为完善HCV分类命名规则，修订新分离命名体系提供重要依据。虽然HCV2型的复杂性相比较6型来说比较小，但是有其独特的地域分布和遗传变异，而且2型还有许多亚型没有正式的分类和命名。通过结合HCV数据库，研究HCV2型的地域分布方式和遗传多样性的特点，为制定预防策略、发展有效的治疗措施和研发针对性的疫苗提供一些有益的帮助。目的1.在全基因组水平上分析HCV6型变异株DH027、TV533、L349和QC271，确定其可能的亚型归属，分析、讨论这些变异株在HCV基因分型系统中的重要意义，为将来修订、完善HCV分型标准提供重要依据。2.依据HCV2型11分离株的基因序列，结合数据库中的2型的序列、来源信息，探讨2型的地域分布方式，遗传变异特点。方法1.采用DNA walking on bridges and islands的策略，扩增、测定HCV6型变异株DH027、TV533、L349和QC271的全基因组序列。然后采用DNAStar、BioEdit、MEGA、SimPlot等生物信息学软件，进行核苷酸相似性比较分析和系统进化分析，以最大似然法构建进化树，确定这几株病毒序列的亚型归属，探讨它们在HCV基因分型中的意义。2.测定11株HCV2型分离株的全基因组序列，采用DNAStar、BioEdit、MEGA等生物信息学软件，参考Genebank中2型序列，综合进行系统进化分析，确定归属。结合HCV数据库中的已知2型信息，探讨2型的地域分布方式，遗传变异特点。结果1. DH027、TV533、L349和QC271全基因组大小分别为9460nt、9446nt、9454nt和9553nt。本研究所扩增4条HCV变异株的序列与其它63条6型参考序列比较时，DH027与6m的全基因组差异率为18.7%～19%，与6n之间的差异率为15%～16.1%；TV533与6k的全基因组差异率为19.5%，与6l之间的差异率为16.9%～17.3%；L349与6k的全基因组差异率为19%，与6l之间的差异率为13.8%～14.5%；QC271与6i的全基因组差异率为16.2%～17%，与6j之间的差异率为14.5%～14.8%。2. HCV2型11个分离株的全基因组序列长度介于9508nt～9825nt之间。通过测定HCV的全基因组序列证实2d、2e、2j、2m和2r亚型命名。另外6个分离株QC114、QC182、QC289、QC297、QC302和QC331则代表了6个新的谱系。QC297、QC331、QC182和QC64在E2、P7和NS5A区域有一些特殊的遗传变异。结论1.根据核苷酸相似性分析和系统进化分析DH027、TV533、L349和QC271可暂时划分为HCV6n、6l和6j亚型，但是这几株病毒序列也与6m、6k和6i亚型也比较接近。将本研究中的4变异株与参考株序列放在一起比较，6m、6n；6k、6l；6j、6l之间的界限变得模糊。这些变异株的发现，使得HCV的亚型分类变得更加复杂，为今后修订、完善HCV分类命名规则提供重要依据。2.在11个型分离株中，明确了5个HCV2型分类、命名，发现了6个新的2亚型候选株。分析了2型的全球地域分布。确认了某些独特的氨基酸序列变异，显示出某些2型的遗传特殊性。