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羽色是半番鸭重要的质量性状,改良羽色性状是水禽育种学家的研究重点,但是改良这些性状用常规育种方法已受到了极大的限制,应用分子标记辅助选择已成为鸭育种改良的必然趋势。在课题组白羽性状选育的基础上,从分子水平上研究探讨半番鸭的羽色性状,对进一步提高半番鸭白羽率,快速培育出具有我国特色的大型白羽半番鸭母本品系具有重要指导意义。针对目前半番鸭研究现状,本研究由北京鸭和半番鸭的黑素皮质素受体1(melanocortin 1 receptor,MC1R)基因克隆测序和半番鸭羽色AFLP分子标记筛查两部分组成,为分子标记辅助选择育种提供了分子遗传基础。实验一,鸭MC1R基因的克隆测序:从北京鸭和半番鸭血液提取基因组DNA,根据鸡、鹌鹑、雪雁、孔雀等MC1R基因同源序列的保守区设计引物,PCR扩增、目的片段回收、克隆测序后进行序列分析。结果,(1)对北京鸭和半番鸭MC1R基因进行克隆测序,获得了长为855bp的cDNA序列。为进一步研究半番鸭羽色MC1R基因SNP标记及在品系选育中的应用奠定了基础;(2)通过BLAST进行相似性搜索,结果表明,该序列与MC1R的序列同源性最高。其中半番鸭与北京鸭的保守性最高达98.9%,两者与雪雁也有很高的保守性,都达到97.6%,与家鸡、火鸡、鹌鹑、蓝孔雀的同源性在91.0%～95%之间。可见禽类的MC1R基因编码区序列具有高度的保守性;(3)北京鸭与半番鸭核苷酸存在9个变异位点,其中位于229 bp(A/G)、385 bp(A/G)、634 bp(A/G)处的变异导致了MC1R氨基酸序列分别在第77位(K/E)、129位(I/V)、212位(T/A)发生突变。实验二,半番鸭羽色AFLP分子标记的筛查:采用EcoR I/Taq I系列的64对引物重复实验进行AFLP标记筛查。结果,(1)白羽性状特有的标记初筛有10对引物含有13个特异性条带,经重复实验已获得可靠标记的3对引物为E-AAG/T-AAC、E-AAG/T-AGT、E-AGC/T-AAT并含有3个特异性条带;(2)对3个白羽性状特有的AFLP条带切胶回收,以其为模板再扩增与克隆,引物组合E-AGC/T-AAT差异片段EST与鸡的WAG-9005基因全序列相似性为73%;结果表明,引物组合E-AAG/T-AAC和引物组合E-AAG/T-AGT两个差异片段属于新基因片段,与数据库中ESTs序列相似性较低,初步推测这两个差异片段是新发现的半番鸭基因组多态性片段。