高科技企业创新生态系统是以“协作R&D、知识产权许可、技术标准合作”为核心的技术标准化战略为纽带,由高科技企业在全球范围内形成的基于构件/模块的知识异化、共存共生、共同进化的创新体系,具有自然生态系统的一般生态学特征。高新技术复杂特性及创新要求使传统的以生产和销售为中心的高科技创新企业已经逐步转向为从R&D到技术标准的全方位合作。然而,作为独立利益体参与合作的成员企业,要充分发挥创新生态系统的网络协同效应就必须进行有效治理。本文针对高科技企业的专利特征,基于机会主义行为防范、控制权优化与组织租金配备等角度,运用交叉学科理论与方法,将定价机制引入治理,力求开拓创新生态系统治理新理论,完善创新生态系统治理机制体系结构。要防止创新生态系统因信息不对称导致成员敲竹杠、搭便车、退出威胁、隐瞒与虚假发布信息等机会主义行为,关键在于保证成员之间组织租金合理配置,而技术许可定价因促使利益在各方流动而成为有效治理的基本武器。因此本文认为定价机制是创新生态系统重要的治理机制,并通过案例论证高科技企业创新生态系统治理机制包括系统成员共享决策权的决策机制,基于自主知识产权、用户基础规模与市场地位、政府支持力度的谈判协调机制,包括专利许可定价、补贴定价、源代码开放的平台定价机制以及基于网络声誉与专用性资产投资锁定的约束机制。从专利许可定价角度分析创新生态系统治理模式包括基于进入权理论与专利授权许可的俱乐部型模式、具有权威控制与伙伴深耕特点的辐射型模式以及“免费软件+收费服务”的渗透型模式,并论证分析不同治理模式下的治理机制。为使研究更具现实意义,本文以TD-SCDMA创新生态系统、微软创新生态系统、Linux创新生态系统为例,分析作为俱乐部型、辐射型、渗透型治理模式典型代表成功治理的独特经验,检验本文所提出的创新生态系统治理的新观点。